Stage de développement d'un logiciel de correction d'assemblage de transcriptome

Deadline: 
Saturday, March 31, 2018
Period: 
15/02/2018 to 15/08/2018
City: 
Occitanie Toulouse
Research Unit/Team name: 
MIAT

Stage de Master 2 -durée 4-6 mois

 

Description du poste:

Contexte :

L’analyse de l’expression des gènes se fait de plus en plus par séquençage. En l’absence de génome de référence, un assemblage (approche souvent nommée RNA-Seq de novo) des séquences est réalisé pour construire une référence des transcrits sur laquelle les séquences sont ensuite réalignées pour en mesurer l’expression. L'ensemble des séquences assemblées (lot de contigs) contient souvent plusieurs transcrits pour un gène donné (transcrits alternatifs) ou des transcrits avec des introns retenus. La plate-forme a développé une chaîne d’assemblage (drap [1]) qui essaye de limiter la redondance dans les contigs.

 

Objectif :

 Le but du stage est créer un logiciel permettant de trouver et supprimer les introns retenus et les transcrits alternatifs dans l’assemblage. Ce logiciel sera utilisé pour analyser la présence de ces événements dans des assemblages publiés et d’analyser leur importance en fonction de la technologie de séquençage, de l’assembleur, de l’organisme et du tissus. Le logiciel servira aussi à définir les critères de détection de ces événements afin de pouvoir industrialiser le processus.

 

[1] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28224052

 

Lieu et Equipe :

 Plateforme bioinfo genotoul, centre INRA de Toulouse (Auzeville-Tolosane)

Unité MIAT (Mathématique et Informatique Appliquées – Toulouse)

Centre INRA Occitanie - Toulouse

24 Chemin de Borde Rouge - Auzeville

CS 52627

 

L'équipe de la plate-forme Bioinfo Genotoul est composée de 7 personnes. Elle met à disposition de ses utilisateurs une infrastructure de calcul, des outils, des modules d'apprentissage et des services en bio-informatique. Elle fait partie du réseau RENABI (www.renabi.fr) et est certifiée ISO-9001 depuis trois ans.

 

Nom et prénom du contact:

 

Url: http://bioinfo.genotoul.fr/

 

Mots-clés : Séquençage à Haut Débit, RNA-Seq de novo, Intron retenu, transcrit alternatif

 

Rémunération : Application de la convention pour la rémunération des stagiaires (environ 525 euros par mois)