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Modélisation conjointe des différentes voies de transmission spatiotemporelle des maladies infectieuses chez les animaux d’élevages

Description: 

Différentes voies de propagation de maladies infectieuses d’un élevage à l’autre co-existent. Tout d’abord, les pathogènes peuvent être transportés entre fermes par des phénomènes naturels tels que le vent, ou la transmission par contact de petits animaux. Ensuite, les échanges commerciaux entre exploitations agricoles sont un facteur important de transmission : un animal infecté peut être vendu et introduit dans un élevage sain. Enfin, les épidémies peuvent se propager de proche en proche entre animaux d’élevages différents se côtoyant au pâturage.

L'objectif principal de ce projet de stage consiste à formaliser et implémenter ces différentes voies de transmission pour un modèle épidémiologique de type SI (susceptible / infectious) puis SIR (susceptible/ infectious / recovered), à l’échelle d’une métapopulation.

Un modèle continu d’EDP décrivant ces différents chemins de transmission sera tout d’abord formalisé.

Des hypothèses simplificatrices permettent de transformer ce modèle continu en EDOs couplées définies sur un réseau dynamique, ou sur un réseau dynamique couplé à un réseau statique, ou sur des réseaux emboîtés.

Il s’agira de formaliser de manière rigoureuse ces différentes hypothèses, d’implémenter les modèles simplifiés correspondants, et de définir de manière numérique et/ou théorique des indicateurs d’invasions (de type R0).

Type de l'offre: 
Date limite de la candidature: 
01/03/2019
Période d'emploi: 
01/03/2019 - 31/08/2019
Email du contact: 
Unité de recherche d'affectation: 
Localisation CR INRA: