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Construction et analyse d’un modèle d’infection à la Salmonelle prenant en compte l’hôte et son microbiote digestif pour représenter une hétérogénéité d’excrétion

Description: 

Stage de M2 / Ingénieur

Dans un travail préliminaire, nous avons développé un modèle où chaque individu dans une population est décrit par la charge en pathogène présente dans son système digestif à l’instant t, décrite par une équation différentielle stochastique. Nous avons déduit de ce modèle une EDP qui décrit l’évolution de la densité de probabilité de la charge en pathogène d’un individu en fonction du temps, et par extension la distribution de charge en pathogène attendue dans une population nombreuse d’individus. Ce modèle est capable de reproduire une hétérogénéité interindividuelle dans l’excrétion, exclusivement due à des effets stochastiques dans la dynamique écologique du microbiote.

Dans ce contexte, l’objectif du stage est de (i) introduire dans le modèle existant une variabilité liée à l’hôte, et en particulier à la réponse immunitaire de l’hôte, et plus seulement au microbiote, (ii) améliorer la pertinence écologique du modèle (iii) analyser et simuler ce modèle (iv) le confronter avec des données expérimentales (comportement qualitatif ou estimation de paramètres).

Les modèles envisagés sont des équations différentielles stochastiques ou des processus de sauts à l’échelle individuelle et des équations aux dérivées partielles de type convection-diffusion lorsqu’on s’intéresse à la répartition de traits à l’échelle d’une population.

Type de l'offre: 
Date limite de la candidature: 
01/03/2019
Période d'emploi: 
01/03/2019 - 31/08/2019
Email du contact: 
Unité de recherche d'affectation: 
Localisation CR INRA: