Contexte : Le microbiote humain joue un rôle majeur dans les infections de l'hôte. Il peut avoir un impact sur la sensibilité de l'hôte, l'issue de l'infection et l'acquisition d'agents pathogènes. Au cours des dix dernières années, des efforts ont été faits pour développer des modèles écologiques réalistes de la croissance des agents pathogènes chez les animaux ou les humains. Ce projet vise à considérer, par une approche de modélisation et intégration de données, les échelles intra- et inter-hôte afin d'étudier l’interaction des mécanismes à ces deux échelles impliqués dans l'acquisition et la transmission de bactéries pathogènes, notamment résistantes aux antibiotiques.

Missions :

• Développer un modèle pour la simulation des dynamiques intra-hôte, formalisant les interactions entre le microbiote et le pathogène colonisateur et incluant également la réponse immunitaire de l'hôte et l'utilisation d'antibiotiques.
• Développer un modèle multi-échelle prenant en compte les dynamiques intra et inter-hôtes, décrivant en particulier les interactions entre les hôtes et leur impact sur la transmission des bactéries commensales et du pathogène.

Compétences :

Formation recommandée : thèse en mathématiques appliquées, biomathématiques, biologie computationnelle. Connaissances nécessaires : modélisation EDO/EDP ou processus stochastique, inférence de paramètres et/ou assimilation de données, programmation (Python ou C/C++, R). Expérience appréciée : une première expérience en modélisation de phénomènes biologiques et analyse de données serait un atout. Aptitudes recherchées : une appétence pour la modélisation du vivant et la collaboration interdisciplinaire est primordiale; rigueur, adaptabilité, travail en équipe.