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Assemblage hybride (short/long reads) de génomes et annotations

Description: 

CDD 6 mois

Dans le cadre de projets visant à étudier les interactions entre le melon et le puceron qui le colonise, nous avons obtenu des données NGS de nouvelles générations (ONT, PacBio, 10 X Genomics) et des cartes optiques (Bionano) de plusieurs génotypes de melon et de puceron. L'INRA GAFL recrute un ingénieur.e d'étude en bio-informatique/bio-analyse pour une durée de 5-6 mois pour traiter ces données (assemblage des génomes et annotation), avec une attention particulière aux familles multigéniques. Elle/Il pourra bénéficier de l'aide et des conseils des informaticiens et bio-informaticiens de l'unité. Il/Elle aura accès au serveur Linux de calcul de l’unité GAFL et aux plateformes HPC INRA.

Compétences demandées :

  • Analyse de données NGS de type ADN (preprocessing, démultiplexage, mapping, SNPs calling)
  • Utilisation et interprétation de logiciels d'analyse bio-informatique
  • Maîtrise de l'environnement Linux
  • Maîtrise d'au moins un langage de programmation/scripting (Python, bash)
  • Notions d’outils de packaging/déploiement (Singularity) et de management de workflow (Snakemake)

Une connaissance dans l'analyse des long reads type Oxford Nanopore Technologies, 10X Genomix et carte optique sera un plus. Des connaissances et/ou une pratique du calcul sur cluster seraient aussi appréciées.

Des connaissances de bases en génétique seraient appréciées.

Les candidats retenus seront convoqués pour un entretien dans les 15 jours. Pour des raisons administratives, le candidat recruté ne devra pas avoir plus de 24 mois d’ancienneté à l’INRA.

Type de l'offre: 
Date limite de la candidature: 
15/12/2019
Période d'emploi: 
01/01/2020 - 30/06/2020
Email du contact: 
Localisation CR INRA: