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Développement de nouvelles fonctionnalités pour le système d’information FLAGdb++

Description: 

 

 

Environnement : Situé en Ile de France, l'Institut de Sciences des Plantes Paris-Saclay (IPS2) est une Unité Mixte de Recherche (UMR) constituée par l’Univ. Paris-Sud, l’INRA, le CNRS, l’Univ. d’Evry-Val d’Essonne et l’Univ. Paris-Diderot. Elle rassemble des activités de recherche, de formation et d’innovation dans le domaine des Sciences du Végétal (http://ips2.u-psud.fr).
L'équipe Réseaux Génomiques (GNet) de l’IPS2 développe des méthodes statistiques et bio-informatiques ainsi que des bases de données et des interfaces pour l'analyse des données «omiques». Son principal thème de recherche concerne la détermination des fonctions des gènes et les interactions entre ces gènes. Plusieurs outils logiciels sont maintenus et mis accessibles au public, notamment les bases de données FLAGdb++ pour la génomique et CATdb pour le transcriptome.

 

Contexte : FLAGdb++ est un système d’information générique permettant d’explorer un vaste ensemble de connaissances sur six génomes végétaux (Arabidopsis, riz, peuplier, vigne, tomate, melon). Il offre un environnement informatique original en agrégeant des informations structurales et fonctionnelles issues de sources expérimentales, de curations expertisées et de prédictions bio-informatiques.
Une interface, développée en Java, propose de visualiser de façon graphique les génomes et leurs annotations et fournit des outils d’analyse visuelle des données. Toutefois, il est nécessaire de faire évoluer l’interface pour (i) accentuer la lisibilité de l’information génomique, (ii) proposer des visualisations originales pour de nouvelles données, (iii) augmenter les performances des analyses qui manipulent des quantités grandissantes de données.

 

Mission : L’apprenti(e) participera au développement de FLAGdb++ selon trois axes :

1. Ergonomie de l’environnement graphique :
L’interface de FLAGdb++ fournit une représentation de l’annotation structurale et fonctionnelle des génomes en utilisant les possibilités graphiques du langage Java. Son amélioration consiste à faciliter l’accès à l’information et aux outils d’exploration, à réorganiser par catégories l’information relative à l’annotation fonctionnelle et à moderniser la navigation à travers les génomes via un périphérique de pointage. L’apprenti(e) réalisera ces développements en exploitant de manière approfondie les bibliothèques de Java (Swing et autre).

2. Représentation des connaissances :
FLAGdb++ devra intégrer de nouvelles données issues des études à large échelle menées dans l’équipe GNet. Selon leur nature, ces annotations seront visualisées sur un génome unique ou sur une combinaison d’espèces en génomique comparée. L’apprenti(e) devra concevoir et implémenter en Java les objets informatiques sous-jacents ces nouvelles annotations.

3. Benchmark et interfaçage :
L’augmentation des quantités de données conduit à rechercher des logiciels toujours plus performants pour fournir rapidement les résultats à l’utilisateur (par ex. alignements avec diamond). L’apprenti(e) effectuera des tests comparatifs de logiciels bio-informatiques, en constituant un jeu de données de test, en exécutant les logiciels et en établissant un rapport de test. Il (elle) interfacera avec FLAGdb++ les logiciels sélectionnés pour leurs performances.

 

Compétences : Programmation orientée objet en Java, bases de données relationnelles (PostgreSQL). Utilisation possible des langages Perl, Python et shell. Environnement de développement Eclipse/Unix. Connaissances en biologie et génomique souhaitées.

 

Employeur : Institut National de la Recherche Agronomique (établissement public de recherche)

Tuteur d’apprentissage : Jean Philippe TAMBY (Ingénieur)

Localisation : Institut de Sciences des Plantes Paris-Saclay (IPS2)
(UMR INRA 1403-CNRS 9213-UPSud-UEVE-UP7)
Bâtiment 630, rue Noetzlin
Plateau de Moulon
91190 Gif-sur-Yvette (France)

 

Type de l'offre: 
Date limite de la candidature: 
31/08/2019
Période d'emploi: 
01/10/2019 - 31/08/2021
Email du contact: 
Unité de recherche d'affectation: