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Formation Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d'intérêt différentiellement exprimées (R, RStudio) -

26/09/2019 - 27/09/2019
Type d'événement ou fait marquant: 
Offre de formation

Objectifs
Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l'analyse de données transcriptomiques de type
RNA-Seq.
Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d'un article.
Réaliser une étude transcriptomique avec R et l'environnement RStudio.

Programme
Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais
contrôlables).
Normalisation et analyse différentielle : recherche de "régions d'intérêt" différentiellement exprimées
(modèle linéaire généralisé).
Prise en compte de la multiplicité des tests.
Le cours sera illustré par différents exemples et un jeu de données à deux facteurs sera traité à l'aide
principalement des packages R DESeq2 et edgeR dans l’environnement RStudio.

Centre Inra ou sera localisé l'annonce: 
Unité organisatrice: 
PF organisatrice: