texte-et-connaissance

Refonte du portail MathInfo

Le site entre dans une phase de refonte afin de mieux cibler les objectifs présentés aux dernères "journées MathInfo à L'Inra".

De la Donnée à la Connaissance (D2K)

Groupe de travail du Labex DigiCosme

Sur le thème de la "Résolution de questions complexes suivant un point de vue guidé par la tâche, combinaison de méthodes interdisciplinaires allant du traitement des données et de l’information à celui de la connaissance". Exemples de sujets traités :  "Modélisation et Processus", "Connaissances et Analyse d'images", "Connaissances et Raisonnement", "Analyse de contenus multimedia", "Compétitions en text-mining dans le domaine biomédical"

Groupe de Travail DigiCosme, Représentations Sémantiques Multilingues

Groupe de travail du LabEx DigiCosme de l'Idex Paris-Saclay.

Thématique(s): traitement automatique de la langue ; représentation des connaissances

An integrated text mining framework for metabolic interaction network reconstruction

Patumcharoenpol P, Doungpan N, Meechai A, Shen B, Chan JH, Vongsangnak W. (2016) An integrated text mining framework for metabolic interaction network reconstruction.

D-ONT

Titre du projet: 
Exploitation optimisée des bases de données phénotypiques - Des ontologies pour le partage d’information

L’intégration et la modélisation des données issues des recherches sur l’animal sont des priorités pour répondre aux enjeux scientifiques du phénotypage. Cela requiert que les données primaires, acquises de manière indépendante dans des projets dédiés soient à la fois accessibles (open data) et opérationnelles (linked data), c’est à dire qualifiées, interprétées et intégrées avec la connaissance du domaine pour être exploitées.

Overview of the gene regulation network and the bacteria biotope tasks in BioNLP'13 shared task

Robert Bossy, Wiktoria Golik, Zorana Ratkovic, Dialekti Valsamou, Philippe Bessières, Claire Nédellec BMC Bioinformatics 2015, 16

OpenMinTeD

Titre du projet: 
Open Mining INfrastructure for TExt and Data, Infrastructure européenne de text-mining, projet H2020
 

Cocitations

Cocitations est un service en ligne équipé d'une base de données indexant les phrases issues des références PubMed et mentionnant au moins deux noms de gènes. Un utilisateur peut interroger la base en donnant un nom de gène dans une espèce données (seule Bacillus subtilis est actuellement disponible), et sélectionne le second gène en parcourant la liste des gènes cocités. Les références ou phrases correspondantes sont alors affichées, et les occurrences des noms de gènes sont surlignées.

Réseau In Ovive

Réseau Intégration de sources/masses de données hétérogènes et ontologies

L'objectif de ce réseau ouvert est d'animer la communauté scientifique francophone dans le domaine de l'intégration de sources/masses de données hétérogènes à l'aide d'ontologies, pour les sciences du vivant et de l'environnement. Ce réseau soutenu par le département MIA de l'INRA, depuis janvier 2011, a pour objectif de développer des collaborations entre des équipes de recherche francophones autour de cette thématique.

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