Réseaux et groupes de travail

Réseau méthodologique MIA « Inférence de réseaux (biologiques) » NETBIO

Nom de l'animateur du réseau et/ou groupe de travail: 
Nathalie Villa-Vialaneix (unité MIA-T, Inra)

La compréhension de systèmes biologiques faisant intervenir de nombreux acteurs potentiels (e.g. protéines, métabolites, etc.) passe par l'identification d'interactions entre ces acteurs que l'on représente sous forme de réseaux. Les statisticiens et informaticiens ont développé ces dernières années toute une gamme de méthodologies pour inférer ces réseaux, souvent à partir de connaissances ou données très réduites. Des logiciels sont aujourd'hui accessibles et diffusés soit sous forme de paquetages libres (GGMSelect, SIMoNe, ParCorA, Banjo, etc.), soit sous forme commerciale (Ingenuity, Genevestigator, Pathway Tool, etc.).

En collaboration avec des biologistes, plusieurs chercheurs du département sont engagés au sein de projets de biologie des systèmes en microbiologie, en biologie végétale, en biologie animale. Toutefois la complexité du vivant fait que souvent les méthodes proposées ne sont pas pertinentes pour des organismes ayant des dizaines de milliers de gènes. Dans le cadre d'une collaboration avec l'Unité de recherche en Génomique Végétale (URGV) animée par M-L Martin-Magniette, nous souhaitons réfléchir aux besoins méthodologiques pour inférer des réseaux chez la plante modèle Arabidopsis thaliana dans l'objectif de monter un projet qui impliquerait l'URGV et des membres de ce réseau méthodologique.

RESSTE : RESeau Statistiques pour données Spatio-TEmporelles

Nom de l'animateur du réseau et/ou groupe de travail: 
Denis Allard

Les progrès de l'instrumentation, des systèmes électroniques embarqués et de l'imagerie satellite génèrent de très grandes quantités de données, géolocalisées et répétées dans le temps. Un grand nombre de variables, parfois assez fortement dépendantes, sont disponibles. Les défis posés par ces données spatio-temporelles sont multiples :ils concernent à la fois la définition de modèles, les méthodes d'estimation pour ceux-ci et la mise en œuvre de ces méthodes pour des ensembles de données de (très) grande taille.

 

Les chercheurs abordant les données spatio-temporelles sont en grande partie issus de domaines des statistiques interagissant assez faiblement : les séries temporelles et les statistiques spatiales. Selon le phénomène étudié et selon le type de données recueillies, les données spatio-temporelles peuvent se voir comme des des séries temporelles non indépendantes (chaque série temporelle correspondant à un site) ou comme des photographies à des temps successifs d'un échantillonnage spatialisé. Ces deux points de vue mènent à des modèles et des approches très différents, qui méritent d'être enrichies par leur confrontation mutuelle. Le cadre conceptuel général, englobant ces deux points de vue, est encore largement en gestation.

 

Objectifs scientifiques:

  • Initier une animation scientifique autour des modèles, méthodes et algorithmes pour les données spatio-temporelles
  • Fédérer des statisticiens de différents horizons et des modélisateurs des autres disciplines ayant à traiter de ce type de données, en confrontant les  approches et points de vue des différents domaines des statistiques.
  • Contribuer à une plus large diffusion des méthodes en statistiques spatio-temporelles, auprès de statisticiens et des modélisateurs.
  • Initier de nouveaux fronts de recherche en statistiques spatio-temporelles répondant aux enjeux rencontrés par les scientifiques.

ModStatSAP - Modélisation et statistique en santé des animaux et des plantes

Nom de l'animateur du réseau et/ou groupe de travail: 
Samuel Soubeyrand

THEMES DU RESEAU

Modélisation et statistique en santé des animaux et des plantes

Aspects génétiques, épidémiologiques et spatiotemporels

Logo ModStatSAP

 

OBJECTIF DU RESEAU

L’objectif principal du réseau est de fédérer les modélisateurs et statisticiens des départements SPE, SA et MIA, d’autres départements de l'INRA (notamment EA et EFPA) et d'autres structures de recherche, afin d’accroître la portée des recherches en modélisation, mathématiques et statistique appliquées à l’étude des systèmes plantes / bioagresseurs et hôtes / pathogènes. Le réseau doit permettre d'accélérer la percolation des idées, des approches, des méthodes et des résultats

- dans le cercle des modélisateurs et statisticiens

- dans un cercle élargi au sein duquel figurent les épidémiologistes, les dynamiciens et les généticiens des populations

- entre santé animale et santé des plantes.

 

OUTILS DE COMMUNICATION

Site internet: http://ciam.inra.fr/reseau-modstatsap/

Liste de diffusion:

Fil twitter: https://twitter.com/ModStatSAP

Tweets de @ModStatSAP

Communauté(s): 

MEDIA : Modèles d'Equations DIfférentielles et Autres systèmes dynamiques pour l'écologie

Nom de l'animateur du réseau et/ou groupe de travail: 
Lionel Roques

Objectifs du réseau :

- aboutir à une meilleure visibilité des recherches conduites à l'INRA autour des équations différentielles et plus généralement des systèmes dynamiques appliqués à l'étude des écosystèmes ;

- être à l'interface avec la communauté non-INRA, déjà très développée ;

- permettre un meilleur partage de l'information entre les scientifiques concernés et les unités concernées ;

- évaluer le spectre de compétences couvert par l'INRA et identifier les compétences jugées nécessaires mais non encore couvertes, en vue notamment d'établir des propositions de profils de postes auprès de MIA ;

- encourager de nouveaux développements méthodologiques dans le domaine des EDO/EDP/IDE/systèmes dynamiques.

Workshop AIGM 2014: "Algorithmic Issues for Inference in Graphical Models"

Nom de l'animateur du réseau et/ou groupe de travail: 
AIGM14-miat-org@toulouse.inra.fr

Date: September 22, 2014
Location:   AgroParisTech, Coléou amphitheater, Paris, France.
Program: www
AIGM network site: www

Communauté(s): 

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