Faits marquants

Analyse à haute résolution du transcriptome de Bacillus subtilis

Une analyse à haute résolution du transcriptome de Bacillus subtilis par Tiling Arrays explorant une grande variété de conditions de culture (104) a permis de découvrir/confirmer de nombreux nouveaux gènes, promoteurs et terminateurs de transcription, offert un regard inédit sur l’organisation des régulations de l’expression des gènes et posé de nouvelles questions comme la fidélité de la transcription chez la bactérie.
 

Organisation d’une compétition internationale en acquisition de connaissances à partir de textes en Microbiologie

L’équipe Bibliome de MIG est impliquée depuis 2011 dans l’organisation d’une des deux grandes compétitions internationales en Extraction d’Information à partir de textes en Biologie, BioNLP Shared Task, et en dirige l’édition 2013. Notre spécificité est de proposer dans ce cadre des tâches d’EI concernant la Microbiologie : i) interactions géniques chez les bactéries et ii) relations entre microorganismes et description de leurs habitats.

 

Les algorithmes d'optimisation de MIA en tête de peloton !

Les méthodes d'optimisation combinatoire développées dans notre laboratoire finissent dans le peloton de tête de deux compétitions internationales. Sur une collection de modèles graphiques représentant des problèmes de repliements ou d'analyse d'interaction protéines-protéines, de pedigree mais aussi d'analyse d'images (segmentation, alignement), notre outil toulbar2 a terminé respectivement 1er et 2nd en 2010 et 2012.

 

Modélisation statistique pour l'analyse de données de ChIP-chip

Nous avons développé des méthodes statistiques pour analyser les données de ChIP-chip, technique permettant d'étudier les interactions protéine-ADN.

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