Evènements

CEMRACS 2018

cemracs 2018
Period: 
16/07/2018 - 24/08/2018

Numerical and mathematical modeling for biological and medical applications: deterministic, probabilistic and statistical description

 

CEMRACS concept

The CEMRACS is a scientific event of the SMAI (the french Society of Applied and Industrial Mathematics). The concept was initiated in 1996 by Yvon Maday and Frédéric Coquel and takes place every year at CIRM in Luminy (Marseille, France) during 6 weeks from mid-july. The goal of this event is to bring together scientists from both the academic and industrial communities to work and discuss on focused topics.
During the first week, a classical summer school is proposed. It consists of several lectures given by leading scientists and related to the topics of the research projects. The remaining 5 weeks are dedicated to working on the research projects, possibly after a morning seminar.

 

CEMRACS'18

CEMRACS'18 will be the twenty-third of the series. The aim of this CEMRACS is to focus on the mathematical models applied to natural sciences. For several years, application of mathematics to biology or medicine has become a major field of interest. Important progresses have been made in multiscale and multiphysics modeling, for both theoretical and numerical aspects. These simulations can be viewed as an alternative to in vivo or in vitro experiments and may be referred to as in silico experiments. A major advantage of these in silico experiments is that they do not require invasive procedures and can be easily used to elaborate/test different scenarii. The contribution of mathematical and numerical models to research and development in the biomedical field can be at several levels. In a first step, this may provide valuable tools to understand/explain the underlying biomedical phenomena or the observations. In a second step, it can also help to make a prediction (for tumor growth, drug efficiency,...). Finally, it can be integrated as a part of the decision process as an optimization tool.

 

CEMRACS'18 will consist of two joint events:

  • a one week summer school (July 16 - July 21)
  • an intensive 5-week long research session (July 23 - August 24).

 

Organizers
Vincent Calvez (CNRS, ENS Lyon),
Céline Grandmont (INRIA, Rocquencourt),
Eva Löcherbach (Univ. Cergy-Pontoise),
Clair Poignard (INRIA, Bordeaux),
Magali Ribot (Univ. d’Orléans),
Nicolas Vauchelet (Univ. Paris 13-Nord).

To contact the organizers :

 

Scientific committee
Martine Ben-Amar (physics, ENS),
Jose-Antonio Carrillo (Imperial College London),
Mark Chaplain (Univ. of St Andrews),
Régis Ferrière (ecology-biology, ENS),
Patricia Reynaud-Bouret (CNRS, Univ. Nice),
Alessandro Veneziani (Emory Univ.)

Sémantique des données et intégration de données en agronomie

Period: 
30/01/2018 - 01/02/2018

Conditions d'ouverture de chaque module : la formation n'aura lieu qu'à partir de 8 inscriptions confirmées. Au-delà de 12 les inscriptions seront enregistrées en liste d’attente.

 

Objectifs :

  • Être capable de partager et réutiliser des données : sémantique des données et gestion des métadonnées avec les approches du Web Sémantique
  • Être capable d'intégrer des données de sources hétérogènes
  • Comprendre les concepts principaux, les avantages et les limites du Web Sémantique.

 

Compétences visées :

  • Savoir utiliser des ontologies
  • Savoir représenter des données en RDF dans un contexte Agronomique
  • Savoir exploiter les méthodes du Web Sémantique pour l'intégration de données.

 

Contenus/Points-clés de l’intervention :

Le programme est organisé sur les thèmes suivants :

  • Introduction aux ontologies et au Web Sémantique : connaître les enjeux et usages de l'Agronomie
  • Représentation de données et utilisation d'ontologies (RDFS, OWL),
  • Raisonnement, inférence et interrogation sur les données (SPARQL)
  • Intégration de données : alignement d'ontologies, interconnexion des données (liage).

 

Méthodes pédagogiques :

Travaux pratiques et dirigés en salle informatique introduits par des présentations plénières.

Une demi-journée réservée à un mini-projet en agronomie permettant de mettre en pratique l'ensemble des acquis.

 

Supports :

Protocoles des TP et supports de cours – Accès temporaire à un serveur de données RDF

 

Publics visés :

Prérequis exigés : niveau ingénieurs ou chercheurs – notions en programmation

Public visé : les acteurs de la filière agronomique – agroalimentaire (INRA, CIRAD, École d’Agronomie, Instituts techniques, communauté scientifique…)

Des étudiants ingénieurs-agronomes de l’école Montpellier SupAgro participeront également à cette formation.

Possibilité de venir avec son ordinateur

 

Durée et dates :

Module de 3 jours consécutifs et indissociables - 21 heures

Du Mardi 30 janvier au Jeudi 1er Février 2018

Chaque module thématique est complémentaire mais indépendant des 2 autres.

 

Coût pédagogique :

410 € nets/participant/journée, soit 1230 € nets de taxes pour 1 module de 3 jours.

Déjeuners pris en charge par Montpellier SupAgro - matériels pédagogiques inclus.

 

Lieu :

Montpellier SupAgro – 2 Place Pierre Viala

 

Organisme de formation :

Montpellier SupAgro (Formation continue) et INRA (Formation Permanente)

Organisation : Isabelle TOUZARD et Christophe LEBEGUE

Responsables pédagogiques du module : Pascal NEVEU et Hazaël JONES

Intervenants : Pascal NEVEU Danaï SYMEONIDOU Anne TIREAU Morgane VIDAL (INRA)

 

Contacts :

Florence MARCHAL, assistante  : 04 99 61 23 56 - Mél : Pour les agents de Montpellier SupAgro et de tous les centres INRA : Valérie MENETRIER – Mél :

Modélisation et contrôle numérique de systèmes dynamiques en agronomie

Period: 
22/11/2017

Conditions d'ouverture de la session : la formation n'aura lieu qu'à partir de 8 inscriptions confirmées. Au-delà de 12 les inscriptions seront enregistrées en liste d’attente

 

Objectifs :

  • Acquérir une vision d’ensemble de la chaîne de traitement numérique, depuis la modélisation jusqu’au contrôle et l’optimisation du système
  • Comprendre les concepts et méthodes mathématiques nécessaires à la mise en œuvre de chacune des étapes de la chaine de traitement
  • Être capable de mettre en œuvre de manière pertinente des méthodes mathématiques pour la modélisation, l’analyse, la simulation, l’identification de modèle et le contrôle numérique du système

 

Compétences visées :

  • Savoir modéliser, analyser et simuler un système dynamique
  • Savoir identifier les paramètres d’un modèle
  • Savoir contrôler un système dynamique

 

Contenus/Points clés de l’intervention :

Durant la formation, nous aborderons 4 grandes étapes de la chaine de traitement numérique amenant au contrôle d’un système, à savoir :

  • la modélisation : équation différentielle, représentation d’état, modèle de schéma réactionnel, d’écosystème et de bioréacteur, notion de stabilité, points d’équilibre ;
  • la simulation numérique du modèle : concept de schéma numérique, introduction au schéma d’Euler, implémentation numérique ;
  • l’identification des paramètres du modèle : méthode des moindres carrés, estimateurs, filtre de Kalman ;
  • le contrôle du système : loi de commande, contrôle boucle ouverte/fermée, correcteur proportionnel intégral dérivé (PID), observateur, saturation.

Les méthodes fondamentales de ces étapes seront présentées. L’accent sera également mis sur les transitions entre les étapes, de sorte à donner une vision d’ensemble de la chaine de traitement.

 

Méthodes pédagogiques :

La méthode pédagogique sera basée sur l’alternance de séquences de travail d’apprentissage et de réalisation informatique. Les participants seront amenés à contribuer de manière active au déroulement de la formation. Ils auront la possibilité de travailler en groupes s’ils le souhaitent. Un cas d’étude concret sera présenté sur lequel les méthodes introduites lors de la formation seront appliquées pendant les phases de réalisation informatique.

 

Supports :

Supports pédagogiques papier et notebooks. Accès à des ordinateurs, à internet et à un serveur pour les TP (R, python, Matlab). Les participants pourront utiliser leurs propres ordinateurs portables s’ils le souhaitent.

Des supports additionnels (livres, articles, documents pédagogiques) seront introduits à chaque étape de la formation dont certains seront mis à disposition des participants.

 

Publics :

Prérequis exigés : notions de mathématique élémentaire, notions de programmation (en R, Matlab/Scilab ou Python).

Public visé : les acteurs de la filière agronomique-agroalimentaire (INRA, CIRAD, Ecole d’agronomie, instituts techniques, communauté scientifique …)

Des étudiants ingénieurs-agronomes de l’école Montpellier SupAgro participeront également à cette formation.

Possibilité de venir avec son ordinateur.

 

Durée et dates :

21 heures sur 4 jours indissociables

Du mardi 16 janvier au vendredi 19 janvier 2018

Chaque module thématique est complémentaire mais indépendant des 2 autres.

 

Coût pédagogique :

410 € nets/participant/journée, soit 1230 € nets de taxes pour les 21 heures

Déjeuners pris en charge par Montpellier SupAgro - matériels pédagogiques inclus.

 

Lieu :

Montpellier SupAgro – 2 Place Viala

 

Organisme de formation :

Montpellier SupAgro (Formation continue) et INRA (Formation Permanente)

 Organisation : Isabelle TOUZARD et Christophe LEBEGUE

 Responsables pédagogiques : Céline CASENAVE et Hazaël JONES

 Intervenants : Fabien CAMPILLO (INRIA), Céline CASENAVE (INRA)

 

Contacts :

Florence MARCHAL, assistante  : 04 99 61 23 56 - Mél :

Pour les agents de Montpellier SupAgro et de tous les centres INRA :Valérie MENETRIER – Mél :

Journée du Club de Rencontre AppliBUGS

Period: 
14/11/2017

Le prochain AppliBUGS aura lieu le jeudi 14 décembre 2017, à l'AgroParisTech, 16 rue Claude Bernard, 75005 Paris, dans l'amphi Coléou qui ouvrira à 9h15 (début des exposés à 9h30.

Inscription gratuite mais obligatoire avant le 11/12/17 sur la rubrique inscription du

Lien: http://genome.jouy.inra.fr/applibugs/applibugs.welcome.html

 

Programme

   

  • 9h30 - 10h15 Predicting loggerhead turtles (Caretta caretta) abundance in the North Western Mediterranean Sea par Matthieu Authier (Université de La Rochelle)
  • 10h15 - 11h00 Modélisation spatiale de l’abondance de tiques Ixodes ricinus : comparaison OpenBUGS et INLA par Séverine Bord (INRA)
  • 11h00 - 11h15 Pause
  • 11h15 - 12h00 Mixture modeling and Bayesian statistics to answer the main questions in biological retrospective dosimetry par Sophie Ancelet (IRSN) et Kaniav Kamary (AgroParisTech)
  • 12h00 - 12h45 The stochastic topic block model for the analysis of networks with textual edges par Pierre Latouche (Université Paris 1)
  • 12h45 - 14h15 Déjeuner
  • 14h15 - 15h00 General Unified Threshold model of Survival (GUTS) under time variable chemical exposure : a comparison of Bayesian implementation with integration of ODEs in R using JAGS or Stan par Virgile Baudrot (CNRS)
  • 15h00 - 16h00 Bayesian nonparametrics for dummies par Judith Rousseau (Université Paris Dauphine)
  • 16h00 - 16h15 Pause
  • 16h15 - 16h45 Model & data-based prediction of the future dynamics of Xylella fastidiosa in Corsica par Candy Abboud (INRA)
  • 16h45 - 17h15 Utility-based optimization of phase II / phase III clinical development par Jihane Aouni (Sanofi)
  • 17h15 - 17h30 Discussion sur la prochaine séance d’AppliBUGS

Workshop "Recent advances in cell & cell community modeling"

Period: 
13/11/2017 - 15/11/2017

Le projet labélisé B2SRI, avec le soutien des départements SdV, STIC et Math de l'Université Paris-Saclay, organise un workshop international du lundi 13 novembre 2017 au mercredi 15 novembre 2017 intitulé "Recent advances in cell and cell community modeling", ouvert à toute la communauté scientifique de Paris-Saclay intéressée par ces sujets.

 

Résumé: Ce workshop abordera les défis techniques caractéristiques au développement des modèles cellulaires entières. Les présentations décriront les modèles de cellules entières englobant le métabolisme, la synthèse des protéines et autres sous-systèmes cellulaires, ainsi que plusieurs modèles multicellulaires décrivant des tissus ou des communautés microbiennes. Dans la partie pratique du workshop, nous explorerons les moyens d'automatiser le plus possible la construction de ces modèles, le couplage entre sous-modèles et l'utilisation possible de standard comme le SBML pour le couplage des modèles de cellules hétérogènes. Nous discuterons de l’utilisation du package  SBML « comp » pour le couplage entre modèles dynamiques et stoechiométrique, ainsi que des nouveaux formats de fichiers basés sur du XML et SBML pour décrire les modèles de type allocation de ressources.

 

Summary: This workshop on modeling cells and cell communities addresses technical challenges characteristic of complex and modular cell models. The presentations will describe whole-cell models encompassing metabolism, protein expression, and other cellular subsystems, as well as multi-cell models describing tissues or microbial communities. In the practical part of the workshop, we will explore automated model construction, submodel coupling, and possible uses of SBML in setting up heterogeneous cell models. In particular, we will discuss the usage of the SBML “comp” package to couple dynamic and stoichiometric models, and novel XML and SBML file formats for Resource Balance Analysis models.

 

Le programme prévisionnel du workshop est téléchargeable ici.

 

Cette journée aura lieu sur le centre INRA de Jouy-en-Josas, dans le bâtiment 400 de la Documentation (ERIST).

 

L'inscription à cette journée est gratuite. Néanmoins, pour des raisons de logistique, merci de renseigner le formulaire : http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/node/762.

 

Clôture des inscriptions: le 10/11/2017.

 

Contact: b2sriworkshop@gmail.com

 

Les organisateurs: Anne Goelzer, Wolfram Liebermeister et Vincent Fromion

Séminaire Parisien de Statistique

Period: 
13/11/2017

Le prochain Séminaire Parisien de Statistique aura lieu le Lundi 13 novembre 2017, à l'IHP, Amphi Hermite à 14h.

Il est organisée par Liliane Bel et Vincent Rivoirard.

 

Les orateurs sont :

  • 14.00 : Elena Di Bernardino (CNAM) - Titre : On some level functionals for random fields
  • 15.00 : Antoine Godichon (INSA Rouen) - Titre : Algorithmes stochastiques pour la statistique robuste en grande dimension
  • 16.00 : Julien Stoehr (Université Paris-Dauphine) - Titre : Noisy Hamiltonian Monte Carlo for doubly-intractable distributions

 

Plus d'informations et les résumés sur le site du Séminaire Parisien de Statistique : https://sites.google.com/site/semstats/annee-2017-2018/seance-du-13-novembre-2017

Soutenance de HDR d'Elisabeta Vergu

Period: 
17/10/2017
Mémoire présenté pour l'obtention d'une Habilitation à Diriger des Recherches

Université Pierre et Marie Curie

Spécialité : Biomathématiques

Titre : Contribution à la modélisation et l'inférence en épidémiologie des maladies infectieuses

Rapporteurs : Pierre Auger (IRD); Hans Heesterbeek (Univ. of Utrecht); Khashayar Pakdaman (Univ. Paris Diderot)

Jury : Tom Britton (Univ. of Stochkolm); Bernard Cazelles (UPMC); Sandrine Charles (Univ.  Lyon 1); Benoit Durand (Anses); Hans Heesterbeek (Univ. of Utrecht); Hervé Monod (INRA); Khashayar Pakdaman (Univ. Paris Diderot)

Résumé : L'intérêt et l'impact de la modélisation mathématique et des approches statistiques en épidémiologie n'ont fait que croître dans des contextes de plus en plus complexes de mondialisation des problèmes infectieux suite aux changements de l'environnement, à la démographie et à l'intensification des transports. Mes travaux de recherche synthétisés dans ce document s'inscrivent dans une démarche intégrant le développement et l'association d'outils méthodologiques de modélisation et d'inférence statistique pour répondre aux problématiques de détection, prévention et contrôle soulevées par la propagation de maladies infectieuses. Ils se déclinent selon trois axes principaux non mutuellement exclusifs et combinent approches déterministes et stochastiques avec comme dénominateur commun les caractères mécaniste et dynamique de la modélisation : détection dans le contexte de phénomènes épidémiques récurrents et couplage de dynamiques épidémiques intra et inter-populations, compréhension des processus de transmission et prédiction de ces dynamiques ; étude de réseaux de contacts (entre populations) évoluant dans le temps et propagation d'épidémies sur ces réseaux; inférence des paramètres épidémiques clés dans le cadre de processus partiellement observés. Du point de vue des champs d'application, je me suis intéressée à des problématiques d'épidémiologie animale (essentiellement les maladies endémiques des bovins: paratuberculose, fièvre Q, diarrhée virale bovine; et mouvements commerciaux de bovins comme voie de transmission des maladies infectieuses à large échelle), mais aussi humaine (principalement la grippe). En effet, outre le lien conféré par les approches méthodologiques similaires, il est important de ne pas découpler les aspects humain et animal car bien souvent les phénomènes épidémiques se retrouvent à leur convergence. Mes travaux visent à apporter des éléments pour orienter les décisions en santé animale ou publique.

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Title : Contributions to modeling and inference in epidemiology of infectious diseases

Abstract: The interest and impact of mathematical modeling and statistical approaches in epidemiology has grown in increasingly complex contexts of globalization of infectious problems due to environmental and demographic changes and intensification of transportation. My research summarized in this document is part of an approach integrating the development and the association of methodological tools of modeling and statistical inference to tackle problems of detection, prevention and control raised by the propagation of infectious diseases. These studies are structured in three non-mutually exclusive areas and combine deterministic and stochastic approaches whose common denominator consists in the mechanistic and dynamic characteristics of modeling: detection in the context of recurrent epidemic and coupling of intra- and inter-population epidemic dynamics, understanding of transmission process and prediction of these dynamics; analysis of time-varying contact networks (between populations) and propagation of epidemics on these networks; inference of key epidemic parameters of partially observed processes. From the point of view of the applications, I am interested in human (mainly influenza) and animal (mainly endemic diseases in cattle: paratuberculosis, Q fever, bovine viral diarrhea; and cattle trade movement as transmission route of infectious diseases at large scale) epidemiology. Indeed, besides the link conferred by similar methodological approaches, it is important to not decouple human and animal epidemiological aspects because very often the epidemic phenomena are found at their convergence. My work is aimed at providing inputs to guide animal or public health decisions.

Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)" 2017

Period: 
09/10/2017 - 10/10/2017

4th edition of the Workshop 

"Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM'17)"

October 9-10, 2017
Auditorium F. Jacob, Institut Pasteur, Paris, France.

OBJECTIVES
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This workshop aims at promoting discussions and collaborations between biologists (modelers),  computer scientists and applied-mathematicians involved in metagenomics and/or metatranscriptomics studies, either in the bioinformatics or statistical aspects of such analysis.
Metagenomics  studies  refer   to  analyses  based  on high-throughput sequencing  of environmental samples  and microbial ecosystems. Both marker-gene (16S, 18S, ITS,  ...)  and whole-genome strategies will be adressed to  cover a wide  array of question ranging  from quantifying the  microbial  diversity in  order  to  find  structuring factors to assessing the functional role of microbial communities.
The workshop will provide  an overview of the state-of-the-art methods currently used in metaomics including comparative metagenomics and metatranscriptomics.  At the  other end  of the  spectrum, case-studies with a strong methodological component will illustrate how and when these methods are useful and how they produce new biological knowledge. This includes studies that investigate the shortcomings of mature or novel methods (e.g. for clustering, inference of co-occurrence networks, detection of certain types of interaction between taxa, etc) in real life settings. 

SCOPE
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The program of this workshop will consist mainly of presentations of refereed papers (30 minutes) and  invited talks (50 minutes). A poster session will be also organized. Contributions are welcomed on all aspects  about bioinformatics and statistical analyses of metaomics datasets, including, but not limited to:

  • new methods, tools or pipelines involved in the characterisation of microbial diversity,
  • original methods for taxonomical assignment,
  • Metagenomics/metatranscriptomics assembly,
  • data reduction,
  • comparative metaomics,
  • models for community assembly,
  • inference of co-occurrence/abundance patterns,
  • challenges for tackling the complexity of metaomics datasets.

Note that this workshop focuses mainly on methodological aspects of metagenomics and is not dedicated to bioanalyse result presentations.

KEYNOTES
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  • Nicola Segata (Centre for Integrative Biology, University of Trento, Italy): TBA
  • Vanessa Jurtz (Department for Bio and Health Informatics, Technical University of Denmark): "Identifying bacteriophage sequences in metagenomic sample"
  • Léa Siegwald (Institut Pasteur/CRIStAL, Lille) and Ségolène Caboche (Université de Lille/Institut Pasteur de Lille, France): "Analytical biases in targeted metagenomics studies"

SUBMISSION
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Please send the abstract to rcam@jouy.inra.fr and specify if it is for a contributed talk or a poster.

All submitted abstracts will be peer-reviewed by the program committee. Submitted abstracts should not exceed 2 pages including bibliography. Abstracts must be written and presented in English. They may describe work that has already been published or that is simultaneously submitted to a journal, conference, or workshop with reefreed proceedings.

REGISTRATION
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There is no registration fee to attend the RCAM worskhop but for security reason and room capacity, the registration is mandatory. For this, fill this registration form. Registration will close on October 2, 2017.

 

IMPORTANT DATES
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Submission Deadline : August 30, 2017
Notification: September 9, 2017
Registration deadline : October 2, 2017
Workshop Date: October 9-10, 2017

ORGANIZERS
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Valentin Loux, INRA/MaIAGE, Jouy-en-Josas, France
Mahendra Mariadassou, INRA/MaIAGE, Jouy-en-Josas, France
Pierre Peterlongo, Inria/IRISA, Rennes, France
Eduardo Rocha, Institut Pasteur, Paris, France
Sophie Schbath, INRA/MaIAGE, Jouy-en-Josas, France

SPONSOR
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The workshop is supported by the metaprogramme "Microbial Ecosystems and Metaomics (MEM)" from the French National Institute for Agricultural Research (INRA), by the "GdR Molecular Bioinformatics (GdR BiM)" and by the "Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI)" from Institut Pasteur.

PAYOTE 2017

Logo Payote
Period: 
04/10/2017 - 05/10/2017

 

Colloque « modélisation de paysages agricoles pour l’analyse et la simulation de processus »

 

 

L’objet de ce colloque est de partager des connaissances, expériences et outils autour de la modélisation des paysages agricoles, de leur structure et de leur dynamique en considérant la modélisation de la structure physique du paysage agricole et celle des processus socio-techniques qui gouvernent les usages des éléments le constituant (parcelles, fossés, etc.). Par ailleurs, les paysages agricoles sont le support de processus biotiques et abiotiques spatialisés. Les processus biotiques incluent par exemple les dynamiques d’organismes d’importance en agriculture – ravageurs et auxiliaires – ou contribuant à la biodiversité patrimoniale ou ordinaire. Les processus abiotiques incluent par exemple les flux d’eau, d’air, d’éléments minéraux ou organiques. La représentation des paysages en tant que supports (dynamiques) de ces processus et l'analyse de sensibilité des modèles de processus aux variables spatiales font également l’objet de ce colloque.

 

 

Les présentations pourront porter sur des points thématiques ou méthodologiques et devront prendre en compte la diversité disciplinaire de l’auditoire. Quatre thématiques sont particulièrement traitées dans le réseau PAYOTE :

 

  • La représentation du paysage

  • La simulation dynamique des paysages

  • La fouille de données et l'initialisation de paysages virtuels

  • L'analyse de l'impact du paysage sur les processus

 

 

Bien que non obligatoires, nous vous encourageons à prendre en compte les thématiques spécifiques de ce troisième colloque :

 

  • Nouvelles sources de données spatiales

  • Travaux avec des "big spatial data" ou au contraire "low data" (prise en compte des particularismes, cas des cultures peu répandues)

  • Modélisation des paysages pour l'étude des services écosystémiques

  • Prise en compte conjointe des aspects temporels et spatiaux

  • Partenariat et recherche sur les paysages

  • Land planning

 

 

Ce colloque est organisé par le réseau interdisciplinaire PAYOTE qui regroupe des chercheurs et des ingénieurs travaillant sur la modélisation de paysages agricoles pour la simulation et l'analyse de processus écologiques et environnementaux. Il est ouvert à toute personne intéressée.

 

 

Le colloque aura lieu les 4 et 5 octobre 2017 à Paris. L’inscription est gratuite mais obligatoire et les participations seront acceptées dans la limite des places disponibles. Notre réseau est soutenu financièrement par les départements INRA EA, MIA, SAD et SPE et, dans ce cadre, nous pourrons allouer des bourses pour financer la venue des étudiants (doctorants ou M2) qui seront retenus pour présenter leurs travaux.

 

 

Merci d’envoyer vos propositions de présentation (un résumé d’environ une page) à l’adresse avant le 21 juillet 2017. N'hésitez pas à nous contacter à cette adresse si vous avez des questions.

 

 

Un site web consacré au colloque sera ouvert courant juin 2017. Pour vous tenir au courant, vous pouvez consulter le site du réseau PAYOTE : http://www.reseau-payote.fr/

 

 

Nous espérons vous voir nombreux.

 

Le bureau du réseau PAYOTE

 

 

 

 

Calendrier :

 

  • Diffusion de l’appel : 14 juin

  • Envoi des soumissions : 21 juillet

  • Réponse aux auteurs : 18 août

  • Réception des résumés définitifs : 15 septembre

  • Colloque : 4-5 octobre

 

Comité d’organisation et de programme : bureau du réseau Payote

Journées MAMOVI, maths-bio, Lyon, 27-29 septembre

logo mamovi
Period: 
27/09/2017 - 29/09/2017
Les premières journées du GDR Mamovi
(MAthématiques de la MOdélisation du VIvant)
 
 gdr-mamovi-2017, auront lieu à Lyon
du Mercredi 27 septembre 13h30
au Vendredi 29 septembre 16h
 
 
Liste prévisionnelle des orateurs et infos pratiques : https://gdr-mamovi-2017.sciencesconf.org
 
L'inscription est gratuite mais obligatoire : https://gdr-mamovi-2017.sciencesconf.org/registration/index
 
PS : le GDR  Mamovi http://gdr-mamovi.math.cnrs.fr/spip/ a une liste de diffusion.
 
 
 
A bientôt
Amicalement
Thomas Lepoutre et Vincent Bansaye

Les JDEV2017

Period: 
04/07/2017 - 07/07/2017

Bonjour,

nous sommes heureux de vous convier à la 4ème édition des JDEVs.
Les JDEV2017 se tiendront du 4 au 7 juillet 2017 au centre de Marseille.

Site d'inscription: http://www.jdev2017.fr
Plus d'information: http://devlog.cnrs.fr/jdev2017/inscription
Appel à poster (toujours ouvert): http://devlog.cnrs.fr/jdev2017/posters

Rendez-vous à la mi-avril pour découvrir le programme et vous projeter dans votre futur parcours des JDEVs.
Les personnes inscrites sur www.jdev2017.fr  pourront indiquer leurs intérêts vis à vis des ateliers, GTs et présentations proposées.
Vous pouvez déjà découvrir les thématiques T1, T7 et T8 sur le dokuwiki.

Pour rappel, ces journées s'intéressent à tous les aspects du développement logiciel et de la transformation digitale
au travers des thématiques suivantes:
T1 - Systèmes embarqués, les réseaux de capteurs et l'internet des objets
T2 - Ingénierie et web des données
T3 - Programmation de la matière, fabriques personnelles
T4 - Usines logicielles et outils de production de code
T5 - Infrastructures logicielles et science ouverte
T6 - Méthodes et techniques de production de logiciel
T7 - Science des données et apprentissage automatique
T8 - Parallélisme itinérant, virtualisation et reproductibilité
et de manière transverse, le big data et la sécurité
Tarif préférentiel avant le 15 mai.

Une attestation de formation sera délivrée aux doctorants.

Dans l'attente de vous rencontrer,

L'équipe d'organisation et le comité de programme

http://devlog.cnrs.fr/jdev2017
http://devlog.cnrs.fr/jdev2015
http://devlog.cnrs.fr/jdev2013
http://devlog.cnrs.fr/jdev2011

PS: merci de diffuser largement dans vos réseaux et communautés

Affiche:
http://devlog.cnrs.fr/_media/aff-jdev-2017_v04.pdf.zip?id=jdev2017&cache...
Flyer:
http://devlog.cnrs.fr/jdev2017#plaquette

GENOPOLE SUMMER SCHOOL

logo genopole
Period: 
04/07/2017 - 07/07/2017

 

BIOINFORMATICS AND BIOSTATISTICAL TOOLS IN MEDICAL GENOMICS

Chateauform'Les Berges de Seine (Seine-Port 77, Paris area)

 

Compte tenu du lancement du programme national France Médecine Génomique 2025 coordonnée par l'alliance AVIESAN et des besoins grandissant en matière de formation à la génomique humaine et médicale, Genopole et ses partenaires institutionnels organisent une école d'été de haut niveau en bioinformatique et biostatistiques pour la génomique à visée médicale.

Le programme scientifique  couvre à la fois la génomique humaine et la métagénomique d'intérêt médical, ainsi que les questions relatives à l'éthique et à l'intégration de la génomique dans le système de santé.

Les intervenants sont des experts de haut niveau et des leaders scientifiques à l'échelle internationale.

Enfin le cadre très agréable des Berges de Seine permet aux participants et aux intervenants une immersion totale très propices aux interactions et au networking entre scientifiques.

 

Programme (See attached file: SummerSchool_Genopole2017_published3.pdf)

Contact :

More information : summerschool.genopole.fr

Pages