cemracs 2018
16/07/2018 - 24/08/2018

Numerical and mathematical modeling for biological and medical applications: deterministic, probabilistic and statistical description


CEMRACS concept

The CEMRACS is a scientific event of the SMAI (the french Society of Applied and Industrial Mathematics). The concept was initiated in 1996 by Yvon Maday and Frédéric Coquel and takes place every year at CIRM in Luminy (Marseille, France) during 6 weeks from mid-july. The goal of this event is to bring together scientists from both the academic and industrial communities to work and discuss on focused topics.
During the first week, a classical summer school is proposed. It consists of several lectures given by leading scientists and related to the topics of the research projects. The remaining 5 weeks are dedicated to working on the research projects, possibly after a morning seminar.



CEMRACS'18 will be the twenty-third of the series. The aim of this CEMRACS is to focus on the mathematical models applied to natural sciences. For several years, application of mathematics to biology or medicine has become a major field of interest. Important progresses have been made in multiscale and multiphysics modeling, for both theoretical and numerical aspects. These simulations can be viewed as an alternative to in vivo or in vitro experiments and may be referred to as in silico experiments. A major advantage of these in silico experiments is that they do not require invasive procedures and can be easily used to elaborate/test different scenarii. The contribution of mathematical and numerical models to research and development in the biomedical field can be at several levels. In a first step, this may provide valuable tools to understand/explain the underlying biomedical phenomena or the observations. In a second step, it can also help to make a prediction (for tumor growth, drug efficiency,...). Finally, it can be integrated as a part of the decision process as an optimization tool.


CEMRACS'18 will consist of two joint events:

  • a one week summer school (July 16 - July 21)
  • an intensive 5-week long research session (July 23 - August 24).


Vincent Calvez (CNRS, ENS Lyon),
Céline Grandmont (INRIA, Rocquencourt),
Eva Löcherbach (Univ. Cergy-Pontoise),
Clair Poignard (INRIA, Bordeaux),
Magali Ribot (Univ. d’Orléans),
Nicolas Vauchelet (Univ. Paris 13-Nord).

To contact the organizers :


Scientific committee
Martine Ben-Amar (physics, ENS),
Jose-Antonio Carrillo (Imperial College London),
Mark Chaplain (Univ. of St Andrews),
Régis Ferrière (ecology-biology, ENS),
Patricia Reynaud-Bouret (CNRS, Univ. Nice),
Alessandro Veneziani (Emory Univ.)

XIe séminaire des utilisateurs de Stics

réseau scientifique du département Environnement et Agronomie
17/10/2017 - 19/10/2017





Chers utilisateurs de Stics,

Le prochain séminaire des développeurs et utilisateurs du modèle STICS aura lieu à La Rochelle, du 17 au 19 octobre 2017.
Le modèle STICS est soutenu par l’INRA (Réseau STICS du département EA) et rassemble des chercheurs de différents instituts et pays (INRA, CIRAD, AgriFood Canada, Université de Liège-Gembloux, Instituts techniques, …). Ce colloque est largement ouvert à tout utilisateur du modèle STICS et a pour vocation plus largement à discuter de la modélisation des cultures et des systèmes de culture.
Vous pouvez dès à présent soumettre vos résumés (résumés longs, 2 pages) sur le site web de l’événement (https://seminaire.inra.fr/stics2017/). La période de soumission  s’étendra jusqu’au 31 mars 2017, dernier délai.
Nous vous attendons nombreux à La Rochelle!
L'équipe organisatrice.

Dear Fellow STICS users,
The next  seminar for developers and users of the STICS model, and the INRA scientific network associated with this model, will take place in La Rochelle from 17 to 19 October 2017.
The STICS model is supported by the INRA (STICS network of the Environment and  Agronomy department) and gather researchers of various institutes and country (INRA, CIRAD, AgriFood Canada, University of Liège-Gembloux, agricultural technical  Institutes). This seminar is widely opened to every user of the model STICS and has for vocation to discuss about the modelling of the crops and the crop systems.
We are pleased to announce that the abstract submission for the STICS 2017 conference is now open. Two-pages-long abstracts can be submitted on the dedicated website (https://seminaire.inra.fr/stics2017/) until March 31st 2017.
See you soon in La Rochelle!
The organizing team.




Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)" 2017

09/10/2017 - 10/10/2017

4th edition of the Workshop 

"Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM'17)"

October 9-10, 2017
Auditorium F. Jacob, Institut Pasteur, Paris, France.

This workshop aims at promoting discussions and collaborations between biologists (modelers),  computer scientists and applied-mathematicians involved in metagenomics and/or metatranscriptomics studies, either in the bioinformatics or statistical aspects of such analysis.
Metagenomics  studies  refer   to  analyses  based  on high-throughput sequencing  of environmental samples  and microbial ecosystems. Both marker-gene (16S, 18S, ITS,  ...)  and whole-genome strategies will be adressed to  cover a wide  array of question ranging  from quantifying the  microbial  diversity in  order  to  find  structuring factors to assessing the functional role of microbial communities.
The workshop will provide  an overview of the state-of-the-art methods currently used in metaomics including comparative metagenomics and metatranscriptomics.  At the  other end  of the  spectrum, case-studies with a strong methodological component will illustrate how and when these methods are useful and how they produce new biological knowledge. This includes studies that investigate the shortcomings of mature or novel methods (e.g. for clustering, inference of co-occurrence networks, detection of certain types of interaction between taxa, etc) in real life settings. 

The program of this workshop will consist mainly of presentations of refereed papers (30 minutes) and  invited talks (50 minutes). A poster session will be also organized. Contributions are welcomed on all aspects  about bioinformatics and statistical analyses of metaomics datasets, including, but not limited to:

  • new methods, tools or pipelines involved in the characterisation of microbial diversity,
  • original methods for taxonomical assignment,
  • Metagenomics/metatranscriptomics assembly,
  • data reduction,
  • comparative metaomics,
  • models for community assembly,
  • inference of co-occurrence/abundance patterns,
  • challenges for tackling the complexity of metaomics datasets.

Note that this workshop focuses mainly on methodological aspects of metagenomics and is not dedicated to bioanalyse result presentations.


  • Nicola Segata (Centre for Integrative Biology, University of Trento, Italy): TBA
  • Vanessa Jurtz (Department for Bio and Health Informatics, Technical University of Denmark): "Identifying bacteriophage sequences in metagenomic sample"
  • Léa Siegwald (Institut Pasteur/CRIStAL, Lille) and Ségolène Caboche (Université de Lille/Institut Pasteur de Lille, France): "Analytical biases in targeted metagenomics studies"

Please send the abstract to rcam@jouy.inra.fr and specify if it is for a contributed talk or a poster.

All submitted abstracts will be peer-reviewed by the program committee. Submitted abstracts should not exceed 2 pages including bibliography. Abstracts must be written and presented in English. They may describe work that has already been published or that is simultaneously submitted to a journal, conference, or workshop with reefreed proceedings.

There is no registration fee to attend the RCAM worskhop but for security reason and room capacity, the registration is mandatory. For this, fill this registration form. Registration will close on October 2, 2017.


Submission Deadline : August 30, 2017
Notification: September 9, 2017
Registration deadline : October 2, 2017
Workshop Date: October 9-10, 2017

Valentin Loux, INRA/MaIAGE, Jouy-en-Josas, France
Mahendra Mariadassou, INRA/MaIAGE, Jouy-en-Josas, France
Pierre Peterlongo, Inria/IRISA, Rennes, France
Eduardo Rocha, Institut Pasteur, Paris, France
Sophie Schbath, INRA/MaIAGE, Jouy-en-Josas, France

The workshop is supported by the metaprogramme "Microbial Ecosystems and Metaomics (MEM)" from the French National Institute for Agricultural Research (INRA), by the "GdR Molecular Bioinformatics (GdR BiM)" and by the "Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI)" from Institut Pasteur.


Logo Payote
04/10/2017 - 05/10/2017


Colloque « modélisation de paysages agricoles pour l’analyse et la simulation de processus »



L’objet de ce colloque est de partager des connaissances, expériences et outils autour de la modélisation des paysages agricoles, de leur structure et de leur dynamique en considérant la modélisation de la structure physique du paysage agricole et celle des processus socio-techniques qui gouvernent les usages des éléments le constituant (parcelles, fossés, etc.). Par ailleurs, les paysages agricoles sont le support de processus biotiques et abiotiques spatialisés. Les processus biotiques incluent par exemple les dynamiques d’organismes d’importance en agriculture – ravageurs et auxiliaires – ou contribuant à la biodiversité patrimoniale ou ordinaire. Les processus abiotiques incluent par exemple les flux d’eau, d’air, d’éléments minéraux ou organiques. La représentation des paysages en tant que supports (dynamiques) de ces processus et l'analyse de sensibilité des modèles de processus aux variables spatiales font également l’objet de ce colloque.



Les présentations pourront porter sur des points thématiques ou méthodologiques et devront prendre en compte la diversité disciplinaire de l’auditoire. Quatre thématiques sont particulièrement traitées dans le réseau PAYOTE :


  • La représentation du paysage

  • La simulation dynamique des paysages

  • La fouille de données et l'initialisation de paysages virtuels

  • L'analyse de l'impact du paysage sur les processus



Bien que non obligatoires, nous vous encourageons à prendre en compte les thématiques spécifiques de ce troisième colloque :


  • Nouvelles sources de données spatiales

  • Travaux avec des "big spatial data" ou au contraire "low data" (prise en compte des particularismes, cas des cultures peu répandues)

  • Modélisation des paysages pour l'étude des services écosystémiques

  • Prise en compte conjointe des aspects temporels et spatiaux

  • Partenariat et recherche sur les paysages

  • Land planning



Ce colloque est organisé par le réseau interdisciplinaire PAYOTE qui regroupe des chercheurs et des ingénieurs travaillant sur la modélisation de paysages agricoles pour la simulation et l'analyse de processus écologiques et environnementaux. Il est ouvert à toute personne intéressée.



Le colloque aura lieu les 4 et 5 octobre 2017 à Paris. L’inscription est gratuite mais obligatoire et les participations seront acceptées dans la limite des places disponibles. Notre réseau est soutenu financièrement par les départements INRA EA, MIA, SAD et SPE et, dans ce cadre, nous pourrons allouer des bourses pour financer la venue des étudiants (doctorants ou M2) qui seront retenus pour présenter leurs travaux.



Merci d’envoyer vos propositions de présentation (un résumé d’environ une page) à l’adresse avant le 21 juillet 2017. N'hésitez pas à nous contacter à cette adresse si vous avez des questions.



Un site web consacré au colloque sera ouvert courant juin 2017. Pour vous tenir au courant, vous pouvez consulter le site du réseau PAYOTE : http://www.reseau-payote.fr/



Nous espérons vous voir nombreux.


Le bureau du réseau PAYOTE





Calendrier :


  • Diffusion de l’appel : 14 juin

  • Envoi des soumissions : 21 juillet

  • Réponse aux auteurs : 18 août

  • Réception des résumés définitifs : 15 septembre

  • Colloque : 4-5 octobre


Comité d’organisation et de programme : bureau du réseau Payote

High Dimensional Statistics

01/10/2017 - 06/10/2017

La prochaine école ECAS, organisée cette année sous l’égide de la SFdS, se déroulera du 1er au 6 octobre 2017, à la Villa Clythia, le centre de vacances du CAES du CNRS situé à Fréjus.

Le thème de cette école, en langue anglaise, est High Dimensional Statistics, Theory and Practice.


Le cours, dispensé par Vincent Rivoirard, Frank Picard et Tristan Mary-Huard, en présentera une introduction ainsi que les progrès récents, avec un accent particulier sur les principaux concepts de sélection de variables, estimation non paramétrique, classification supervisée et non supervisée et les tests multiples. Il abordera les aspects théoriques, méthodologiques et pratiques de ce champ.

N'hésitez pas à diffuser cette information dans votre réseau.

Pour en savoir plus !


Bien cordialement


Jean-Michel Poggi
(organisateur du cours et Président d’ECAS)




Journées MAMOVI, maths-bio, Lyon, 27-29 septembre

logo mamovi
27/09/2017 - 29/09/2017
Les premières journées du GDR Mamovi
(MAthématiques de la MOdélisation du VIvant)
 gdr-mamovi-2017, auront lieu à Lyon
du Mercredi 27 septembre 13h30
au Vendredi 29 septembre 16h
Liste prévisionnelle des orateurs et infos pratiques : https://gdr-mamovi-2017.sciencesconf.org
L'inscription est gratuite mais obligatoire : https://gdr-mamovi-2017.sciencesconf.org/registration/index
PS : le GDR  Mamovi http://gdr-mamovi.math.cnrs.fr/spip/ a une liste de diffusion.
A bientôt
Thomas Lepoutre et Vincent Bansaye

Les JDEV2017

04/07/2017 - 07/07/2017


nous sommes heureux de vous convier à la 4ème édition des JDEVs.
Les JDEV2017 se tiendront du 4 au 7 juillet 2017 au centre de Marseille.

Site d'inscription: http://www.jdev2017.fr
Plus d'information: http://devlog.cnrs.fr/jdev2017/inscription
Appel à poster (toujours ouvert): http://devlog.cnrs.fr/jdev2017/posters

Rendez-vous à la mi-avril pour découvrir le programme et vous projeter dans votre futur parcours des JDEVs.
Les personnes inscrites sur www.jdev2017.fr  pourront indiquer leurs intérêts vis à vis des ateliers, GTs et présentations proposées.
Vous pouvez déjà découvrir les thématiques T1, T7 et T8 sur le dokuwiki.

Pour rappel, ces journées s'intéressent à tous les aspects du développement logiciel et de la transformation digitale
au travers des thématiques suivantes:
T1 - Systèmes embarqués, les réseaux de capteurs et l'internet des objets
T2 - Ingénierie et web des données
T3 - Programmation de la matière, fabriques personnelles
T4 - Usines logicielles et outils de production de code
T5 - Infrastructures logicielles et science ouverte
T6 - Méthodes et techniques de production de logiciel
T7 - Science des données et apprentissage automatique
T8 - Parallélisme itinérant, virtualisation et reproductibilité
et de manière transverse, le big data et la sécurité
Tarif préférentiel avant le 15 mai.

Une attestation de formation sera délivrée aux doctorants.

Dans l'attente de vous rencontrer,

L'équipe d'organisation et le comité de programme


PS: merci de diffuser largement dans vos réseaux et communautés



logo genopole
04/07/2017 - 07/07/2017



Chateauform'Les Berges de Seine (Seine-Port 77, Paris area)


Compte tenu du lancement du programme national France Médecine Génomique 2025 coordonnée par l'alliance AVIESAN et des besoins grandissant en matière de formation à la génomique humaine et médicale, Genopole et ses partenaires institutionnels organisent une école d'été de haut niveau en bioinformatique et biostatistiques pour la génomique à visée médicale.

Le programme scientifique  couvre à la fois la génomique humaine et la métagénomique d'intérêt médical, ainsi que les questions relatives à l'éthique et à l'intégration de la génomique dans le système de santé.

Les intervenants sont des experts de haut niveau et des leaders scientifiques à l'échelle internationale.

Enfin le cadre très agréable des Berges de Seine permet aux participants et aux intervenants une immersion totale très propices aux interactions et au networking entre scientifiques.


Programme (See attached file: SummerSchool_Genopole2017_published3.pdf)

Contact :

More information : summerschool.genopole.fr

Summer School "Structured Regularization for High-Dimensional Data Analysis"

19/06/2017 - 22/06/2017

The SMF (French Mathematical Society) and the Institut Henri Poincaré organize a mathematical summer school on "Structured Regularization for High-Dimensional Data Analysis". This summer school will be the opportunity to bring together students, researchers and people working on High-Dimensional Data Analysis around three courses and four talks on new methods in structured regularization. The mathematical foundations of this event will lie between probability, statistics, optimization, image and signal processing.

More information (including registration, free but mandatory) is available on the webpage : https://regularize-in-paris.github.io/

Courses :
* Anders Hansen (Cambridge)
* Andrea Montanari (Stanford)
* Lorenzo Rosasco (Genova and MIT)

Talks :
* Francis Bach (INRIA and ENS)
* Claire Boyer (UPMC)
* Emilie Chouzenoux (Paris Est)
* Carlos Fernandez-Granda (NYU)

Organizers :
* Yohann De Castro (Paris-Sud)
* Guillaume Lecué (CNRS and ENSAE)
* Gabriel Peyré (CNRS and ENS)


Journées "ReproHackathon"

01/06/2017 - 02/06/2017

Avec le soutien du GDR MaDICS et de Psay CompBio (Université Paris-Saclay), nous organisons les 1 et 2 juin prochains à Gif-sur-Yvette un premier ReproHackathon, visant à évaluer la capacité de différents systèmes de workflows à reproduire des analyses de données bioinformatiques.
L'ensemble des informations relatives au contexte et au déroulement de ces deux journées est disponible sur :
Le site principal d’inscription se trouve sur l’onglet « inscription » de la page : https://www.france-bioinformatique.fr/en/evenements/reprohackathon
Pour pouvoir participer à cet évènement vous devez aussi vous inscrire au GDR MaDICS : http://www.madics.fr/
Attention : le nombre de participants est limité à 20 places. Il est important de bien noter qu'en vous inscrivant, vous vous engagez à participer au développement de pipelines reproductibles durant les 2 journées de Hackathon. Des journées de restitutions et d'information seront organisées plus largement dès la rentrée prochaine.

Sarah Cohen-Boulakia (LRI Université Paris-Sud, Paris-Saclay)
et Christophe Blanchet (Institut Français de Bioinformatique)

Christophe Blanchet
Institut Français de Bioinformatique - French Institute of Bioinformatics
Responsable technique - CTO
CNRS UMS3601. Avenue de la Terrasse, Bât 21. 91190 Gif-sur-Yvette

JT Modélisation - 30 mai 2017


Journée des doctorants et postdoctorants en modélisation et commande des bioprocédés

Mardi 30 mai – LBE-INRA, Narbonne

Journée co-organisée par l’OT SAMI du LBE et l’UMR MISTEA

Le programme de la journée est disponible sur le site des Journée Thématiques du LBE

Les journées Aléa 2017

20/03/2017 - 24/03/2017

Chers collègues,
Les Journées Aléa 2017 auront lieu au CIRM (Marseille) du 20 au 24 mars 2017. Il s'agit d'un colloque annuel autour des structures aléatoires discrètes issues de diverses disciplines : l’informatique théorique, les mathématiques discrètes, la théorie des probabilités, la physique statistique, la bio-informatique.

N'hésitez pas à faire circuler cette annonce autour de vous auprès de chercheurs qui pourraient être intéressés, particulièrement les doctorants et post-doctorants.
Les pré-inscriptions sont ouvertes sur la page http://programme-scientifique.weebly.com/1590.html ***
*** La date limite pour la pré-inscription est le 22 janvier 2017 **
Comme chaque année, la semaine sera organisée autour de 3 mini-cours et 5 exposés longs :
Mini-cours :
Guillaume Chapuy (CNRS et Univ. Paris Diderot) : Combinatoire algébrique et cartes.
Guillaume Fertin (Univ. Nantes) : Algorithmes pour la bio-informatique.
Régine Marchand (Univ. Lorraine) : Systèmes de particules en interaction.
Exposés longs :
Nathanaël Enriquez (Univ. Paris-Ouest)
Antoine Genitrini (Univ. Pierre et Marie Curie)
Claudine Picaronny (ENS Cachan)
Juanjo Rué (UPC Barcelona)
Sophie Schbath (INRA)
Le site scientifique des journées est ici : http://gt-alea.math.cnrs.fr/alea2017/
Voici quelques infos pratiques :
* Le nombre des places est limité à 95, lorsque vous vous inscrivez  vous recevez une notification après validation de l'un des organisateurs.
* Le budget final n'est pas encore connu mais nous serons en mesure de payer le séjour sur place de la plupart des participants. Si vous avez des labos, ERC, ANR,... très généreux, signalez-vous pour payer votre séjour.
* En début d'année prochaine nous ferons un appel à exposé courts (25') pour compléter le programme.
N'hésitez pas à nous écrire en cas de questions.
A très bientôt,
Adeline Pierrot et Lucas Gerin.