Formation à l'analyse bioinformatique et biostatistique des données RNASeq sur génome de référence

Période: 
Mardi, Mai 16, 2017 - Vendredi, Mai 19, 2017
Centre de recherche: 
Centre de recherche de Toulouse Midi-Pyrénées

La plateformes bioinfo et biostat GenoToul, les équipes Sigenae, NED (GenPhySE), TWB et l'unité MIAT vous proposent 3 cycles d'apprentissage dans les mois qui viennent (2 sous Galaxy et un en ligne de commande) :

 

3,5 jours de formation à l'analyse bioinformatique et biostatistique des données RNASeq sur génome de référence du 16 au 19 mai 2017

 

Ce cycle d'apprentissage vous est proposé par les plateformes Bioinfo Genotoul, Biostat Genotoul, l'équipe Sigenae et l'unité MIAT.

 

Après un bref rappel sur l'environnement Unix et l'utilisation du cluster nous vous présenterons les données RNAseq. Nous discuterons notamment des plans d'expérience et des biais des différentes technologies de séquençage de type NGS. Vous apprendrez à analyser la qualité des données RNAseq et à les nettoyer. Vous effectuerez ensuite l'alignement sur le génome de référence et vous serez en mesure de découvrir de nouveaux gènes ou de nouveaux transcrits. Vous effectuerez ensuite les comptages afin de générer le tableau qui vous servira à mettre en évidence les gènes différentiellement exprimés entre deux conditions. Le dernier jour et demi sera consacré à l'analyse statistique. C'est à dire à l'exploration des données de comptage, la normalisation et l'analyse de l'expression différentielle.

 

Pré-requis nécessaire : connaissance basique du langage R et de la ligne de commande Unix/Linux.

 

Ces formations sont organisées sur le site INRA de Toulouse Auzeville.

 

Les tarifs sont disponibles à l'adresse suivante : http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/training-2/pricing/.
Les inscriptions s'effectuent sur cette page : http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/training-2/training/.