Formation à la métagénomique 16S et 18S sous Galaxy

Période: 
Lundi, Juillet 3, 2017 - Jeudi, Juillet 6, 2017

 

 

 

La plateformes bioinfo et biostat GenoToul, les équipes Sigenae, NED (GenPhySE), TWB et l'unité MIAT vous proposent 3 cycles d'apprentissage dans les mois qui viennent (2 sous Galaxy et un en ligne de commande) :

 

4 jours de formation à la métagénomique 16S et 18S sous Galaxy seront organisés du 3 au 6 juillet 2017 (reste 1 places)

Vous avez, ou allez obtenir, des données de métagénomique 16S ou 18S, Miseq ou 454? Vous souhaitez les analyser efficacement sans utiliser la ligne de commande ? Les équipes Sigenae, NED (GenPhySE), TWB et Bioinfo Genotoul vous proposent une formation de 4 jours indivisibles sous environnement Galaxy. La première demi-journée sera consacrée, après une initiation à l'environnement Galaxy, à la prise en main de l'instance Galaxy Toulousaine. Pendant deux jours vous apprendrez à utiliser le pipeline FROGS dont la description est disponible à l'url : http://bioinfo.genotoul.fr/fileadmin/BIO_INFO_STAT_2015/oral/FROGS_Genot.... Il est constitué des étapes principales suivantes : nettoyage, clustering,  affiliation taxonomique, filtre et statistiques descriptives que nous vous détaillerons. Enfin la dernière journée et demie vous permettra d’interpréter les résultats grâce aux outils statistiques proposés.

 

Pré-requis nécessaire : connaissance de R ou d'un autre langage de programmation pour la partie statistique.

 

Ces formations sont organisées sur le site INRA de Toulouse Auzeville.

Les tarifs sont disponibles à l'adresse suivante : http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/training-2/pricing/.
Les inscriptions s'effectuent sur cette page : http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/training-2/training/.