Réseaux et groupes de travail

REM - Réduction et simplification de modèles

Nom de l'animateur du réseau et/ou groupe de travail: 
Béatrice Laroche

Porteur(s) : Béatrice Laroche
Objectifs Scientifiques :
Le réseau proposé a pour ambition de réunir des mathématiciens et des modélisateurs pour partager et développer des techniques mathématiques et outils numériques permettant d'approcher un modèle, dynamique ou non, de grande dimension, complexe et partiellement observé, déterministe ou stochastique par un modèle plus simple produisant (presque) les mêmes sorties ou le même comportement en loi, voire un comportement simplifié. Le but est de faciliter (ou même rendre possible) l'extraction d'informations, l'estimation de paramètres à partir d'observations partielles, la sélection de modèles, le couplage, la simulation et l'analyse qualitative de modèles complexes dont l'organisation présente différentes échelles. Quatre thèmes d’intérêt ont été identifiés, à savoir (i) la réduction des systèmes par des méthodes de perturbation entrée/sortie, (ii) les méthodes de changement d’échelle temporelle, (iii) les méthodes de changement d’échelle spatiale et (iv) la méta-modélisation et l’exploration numérique de modèles. Le réseau regroupe différents partenaires intéressés par l’utilisation d’outils existants ou les développements méthodologiques autour de la réduction de modèles, dans des domaines applicatifs variés(physiologie et neuroendocrinologie humaine et animale, écologie microbienne, génie des procédés et biotechnologies, épidémiologie animale), afin de placer le réseau dans les problématiques concrètes.

Entités-Partenaires :
MaIAGE / MISTEA-MODEMIC / ISA / BIOSP / GMPA / GENIAL / LBE / LISBP / BIOS / Université d'Evry / INRIA Projet LEMON

Actif depuis : 2014

Réseau méthodologique MIA « Inférence de réseaux (biologiques) » NETBIO

Nom de l'animateur du réseau et/ou groupe de travail: 
Nathalie Villa-Vialaneix (unité MIA-T, Inra)

La compréhension de systèmes biologiques faisant intervenir de nombreux acteurs potentiels (e.g. protéines, métabolites, etc.) passe par l'identification d'interactions entre ces acteurs que l'on représente sous forme de réseaux. Les statisticiens et informaticiens ont développé ces dernières années toute une gamme de méthodologies pour inférer ces réseaux, souvent à partir de connaissances ou données très réduites. Des logiciels sont aujourd'hui accessibles et diffusés soit sous forme de paquetages libres (GGMSelect, SIMoNe, ParCorA, Banjo, etc.), soit sous forme commerciale (Ingenuity, Genevestigator, Pathway Tool, etc.).

En collaboration avec des biologistes, plusieurs chercheurs du département sont engagés au sein de projets de biologie des systèmes en microbiologie, en biologie végétale, en biologie animale. Toutefois la complexité du vivant fait que souvent les méthodes proposées ne sont pas pertinentes pour des organismes ayant des dizaines de milliers de gènes. Dans le cadre d'une collaboration avec l'Unité de recherche en Génomique Végétale (URGV) animée par M-L Martin-Magniette, nous souhaitons réfléchir aux besoins méthodologiques pour inférer des réseaux chez la plante modèle Arabidopsis thaliana dans l'objectif de monter un projet qui impliquerait l'URGV et des membres de ce réseau méthodologique.

MEDIA : Modèles d'Equations DIfférentielles et Autres systèmes dynamiques pour l'écologie

Nom de l'animateur du réseau et/ou groupe de travail: 
Lionel Roques

Objectifs du réseau :

- aboutir à une meilleure visibilité des recherches conduites à l'INRA autour des équations différentielles et plus généralement des systèmes dynamiques appliqués à l'étude des écosystèmes ;

- être à l'interface avec la communauté non-INRA, déjà très développée ;

- permettre un meilleur partage de l'information entre les scientifiques concernés et les unités concernées ;

- évaluer le spectre de compétences couvert par l'INRA et identifier les compétences jugées nécessaires mais non encore couvertes, en vue notamment d'établir des propositions de profils de postes auprès de MIA ;

- encourager de nouveaux développements méthodologiques dans le domaine des EDO/EDP/IDE/systèmes dynamiques.

Complex Systems Digital Campus, UNESCO UniTwin

Nom de l'animateur du réseau et/ou groupe de travail: 
Paul Bourgine

The Complex Systems Digital Campus is an UniTwin programme, a worldwide network of research and/or higher education institutions.

ISC-PIF

Nom de l'animateur du réseau et/ou groupe de travail: 
David Chavalarias

Institut des Systèmes Complexes de Paris Île-de-France

Contact : David.Chavalarias at iscpif.fr

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