Thèses bioinformatique 2015

Nous avons répertorié les nouvelles thèses démarrant dans l'institut en ce début d'année et incluant une partie bioinformatique. Voici une liste établie à partir d'une enquête auprès des réprésentants des départements dans la cellule bioinformatique. N'hésitez pas à nous contacter ( ) si vous notez un oubli ou une erreur parmi cette liste.

Thèses bioinformatiques démarrant fin 2014 - début 2015 à l'Inra (par ordre alphabétique du nom du doctorant) :

  • Paul Bastide, « Modèles de processus stochastiques avec sauts sur arbres : application à l'évolution adaptative sur des phylogénies », encadrants : M. Mariadassou et S. Robin, démarrage : 01/09/2014, unités MIAP et MaIAGE, département MIA ;
  • Claire Baudier, « Décoder les mécanismes moléculaires sous-jacents à l'allocation dynamique des ressources chez la bactérie par une approche couplant modélisation et expérimentation », encadrants : V. Fromion et S. Aymerich, démarrage : 01/10/2014, unité MaIAGE, départements MIA et MICA ;
  • Franck Cerutti, « Nouvelles approches bioinformatiques pour l'analyse de la dynamique évolutive des petits ARNs non-codants et de leurs cibles chez les firmicutes », encadrantes : H.  Chiapello et C. Gaspin, démarrage : 01/12/2014, unité MIAT, département MIA ;
  • Arthur Chambon, « Caractérisation de données biologiques: appréhender les grands volumes d'informations et aider leur interprétation », encadrants : T. Boureau et J. Bourbeillon, démarrage : 01/10/2015, unité IRHS, départements EA et SPE ;
  • Clément Frainay, « Prédiction des effets de nouveaux contaminants alimentaires sur le réseau métabolique humain », encadrants : D. Zalko et F. Jourdan, démarrage : 1/10/2014, unité Toxalim, département ALIMH ;
  • Olivier Landru Mantha, « Une nouvelle approche d'isotopomique pour identifier les dysrégulations du métabolisme des protéines et des acides aminés au cours du développement nutritionnel d'un syndrome métabolique – Acquisition de données et analyse par modélisation », encadrants : H. Fouillet et J.-F. Huneau, démarrage : 1/10/2014, unité PNCA INRA-AgroParisTech, département ALIMH ;
  • Marc Legeay, « Reconstruction de réseaux de gènes incluant les controles post-transcriptionels en cis », encadrant : JP Renou, démarrage : 01/10/2013, unité IRHS, département EA ;
  • Rabia Letaeif , « Identification de variants génétiques responsables de la variabilité génétique de caractères chez les trois races laitières principales en France », encadrant : D. Rocha, démarrage : 01/01/2015, unité GABI, département GA ;
  • Florent Murat, « Analyse de la plasticité des génomes de plantes et d'animaux pour la biologie translationnelle agronomique et médicale appliquée », encadrant : J. Salse, démarrage : 01/10/2014, unité GDEC, départements BAP et EA ;
  • Christophe Noroy, « Rôle de la plasticité génomique associée aux facteurs de virulence dans la pathogénèse bactérienne », encadrants : T. Lefrançois et D. Meyer, démarrage : 01/02/2015, UMR CMAEE / CIRAD Montpellier & Guadeloupe, département SA ;
  • Virginie Stanislas, « Régression en grande dimension et épistasie par blocs pour les études d'association : application à la spondylarthrite ankylosante », encadrants : C. Ambroise et C. Dalmasso, démarrage : 01/10/2014, unité LAMME, département MIA ;
  • Mathieu Tiret, « Segment IDB et déséquilibre de liaison », encadrant : F. Hospital, démarrage : 01/10/2014, unité GABI, département GA ;           
  • Clément Viricel, «  Méthodes et algorithmes avec garanties pour le design d'enzymes », encadrants : T. Schiex et S. Barbe, démarrge : 01/10/2014, unités MIAT et LISBP, départements  MIA et CEPIA.