Réseaux et groupes de travail

Récepteurs couplés aux protéines G - de la physiologie au médicament (GDR-3545 RCPG-Physio-Med)

Nom de l'animateur du réseau et/ou groupe de travail: 
Jean-François Gibrat, Gwenaëlle André-Leroux

L'équipe Bis participe au Groupement de Recherche « Récepteurs couplés aux protéines G – de la physiologie au médicament » (RCPG-Physio-Med) piloté par R. Jokers. J-F Gibrat et G. André-Leroux participent activement au déchiffrage in silico des mécanismes moléculaires engagés dans la signalisation de l'olfaction par les récepteurs olfactifs (RO) qui sont des RCPG. De manière remarquable, certains RO sont surexprimés dans des tumeurs malignes variées. Particulièrement, le récepteur « Prostate Specific G protein-coupled Receptor » (PSGR) est surexprimé dans les cellules LNCaP du cancer de la prostate. G. Sanz, de l’Unité NBO de l'Inra de Jouy-en-Josas dirigée par E. Pajot, a démontré que la stimulation odorante du PSGR promeut in vitro les capacités invasives des cellules LNCaP et favorise in vivo l’émergence et la dissémination des métastases. Avec ces données expérimentales et en collaboration étroite avec l'équipe NOB, J-F Gibrat et G. André-Leroux caractérisent in silico les mécanismes moléculaires à l'origine de la reconnaissance des ligands odorants par le PSGR qui résulte par l'activation de ce dernier. Le but de ces études est d’identifier des antagonistes du PSGR. A terme, il est prévu d'étendre cette compréhension moléculaire du signal olfactif du PSGR aux RO en général et d'assurer la mise à jour du site web GPCR-Automodel.

GdR Statistique et santé

Nom de l'animateur du réseau et/ou groupe de travail: 
tous les statisticiens de l'unité MaIAGE

Le thème « Statistique et Santé » est un thème qui concerne de très nombreuses équipes de recherche en France, aussi bien des équipes de mathématiciens intéressés et motivés par les applications de la statistique dans le domaine biomédical, des unités INSERM de biostatistique, des unités de recherche clinique, des équipes de médecins, de biologistes, de pharmaciens… Ce GdR a pour objectif de fédérer cette communauté.

GdR Géométrie aléatoire et géométrie compexe (GdR 3064)

Nom de l'animateur du réseau et/ou groupe de travail: 
Kiên Kiêu

Le programme de recherche
Dans les thèmes traditionnels de la géométrie algébrique complexe, la théorie de Mori des modèles minimaux puis le programme de Campana pour la classification birationnelle des variétés algébriques ont l’attention d’un nombre croissant de géomètres français.
De grandes avancées ont eu lieu récemment en géométrie kählérienne, renforçant encore le lien avec la géométrie algébrique : métriques de Kähler-Einstein sur des variétés singulières comme limites au sens de Gromov-Hausdorff (Donaldson-Sun), flot de Kähler-Ricci comme géométrisation du programme du modèle minimal (Song-Tian), résolution de la conjecture de Yau-Tian-Donaldson (Chen-Donaldson-Sun et Tian). Cette dernière fait en particulier émerger la nouvelle notion de K-stabilité des variétés algébriques, dont les travaux d’Odaka montrent qu’elle est amenée à jouer un rôle crucial dans la compréhension des espaces de modules.
Pour les interactions avec d’autres champs des mathématiques, les liens entre géométrie algébrique complexe et arithmétique sont très présents dans les sujets que nous abordons, que ce soit comme sources d’inspiration (conjectures de Lang, dictionnaire de Vojta, programme de Campana, conjecture de Tate analogue à la conjecture de Hodge, théorie de Hodge p-adique), comme techniques (géométrie d’Arakelov, géométrie de Berkovich, lien avec l’étude des singularités des modèles minimaux) ou comme sujets d’étude (théorie des modèles).
D’autres domaines connexes, par exemple la géométrie algébrique réelle, la géométrie riemannienne, la dynamique holomorphe ou encore les méthodes effectives en géométrie algébrique connaissent des développements qui utilisent des techniques algébriques ou qui pourraient avoir des rôles en géométrie algébrique complexe.
Des idées de physique théorique (par exemple issue de la symétrie miroir ou plus généralement de la théorie des cordes) ont donné naissance ou renouvelé l’intérêt pour plusieurs domaines en pleine effervescence (la géométrie dérivée, la cohomologie quantique, les conditions de stabilité à la Bridgeland pour l’étude birationnelle des espaces de modules, les modèles de Landau-Ginzburg, l’étude des variétés symplectiques holomorphes).

Les missions du groupement
Le GDR concerne une communauté rassemblée autour de thèmes fortement connectés. Il se donne pour mission de développer la communication et le dynamisme au sein de cette communauté. En particulier son action sera tournée en priorité vers ses membres les plus jeunes. Le GDR souhaite faciliter l’insertion des doctorants dans le tissu de la discipline, que ce soit par sa rencontre annuelle, lieu d’échanges privilégié, ou la participation à des colloques ou des écoles d’été, qu’il a pour ambition de favoriser. Le GDR souhaite également soutenir les jeunes docteurs dans la période particulièrement importante de l’immédiat après-thèse, que ce soit en finançant les déplacements des post-doctorants, ou bien, pour les jeunes MCF ou CR qui ne bénéficieraient pas d’un environnement suffisamment dynamique, en facilitant leur ouverture vers l’extérieur. Le comité de pilotage, par les choix qu’il affichera en particulier à travers les orateurs de la conférence annuelle, fera profiter la communauté de sa réflexion sur les thèmes qui lui semblent les plus prometteurs – réflexion dont l’effet d’entrainement pourrait être important pour nos jeunes chercheurs, et globalement pour la bonne santé de la discipline.
Le GDR travaille avec le GDRE Grifga (Groupement de Recherche européen Italo-Français en Géométrie Algébrique).

La rencontre annuelle
L’une des activités principales du GDR est l’organisation d’une rencontre annuelle, selon un format mis au point au cours des ans et qui a fait les preuves de son efficacité : des mini-cours, souvent donnés par des mathématiciens extérieurs au GDR, qui ont lieu le matin ; du temps libre en début d’après-midi pour favoriser les échanges, les contacts et le travail sur les cours ; des exposés en fin d’après-midi qui présentent des travaux récents.
Les exposés du matin permettent de donner une certaine unité à la rencontre qui se trouvera ainsi centrée autour de thèmes d’actualité.
Les exposés de l’après-midi sont donnés soit par des chercheurs confirmés, le but étant alors de faire découvrir des questions d’actualité aux plus jeunes, soit par des jeunes, qui pourront alors présenter leurs travaux et donner ce qui sera souvent leur premier exposé hors de leur institution, dans une ambiance favorable.

GdR de BioInformatique Moléculaire (GdR BiM)

Nom de l'animateur du réseau et/ou groupe de travail: 
Sophie Schbath

Le GdR BiM est un réseau scientifique pour la recherche en bioinformatique. Il regroupe environ 1200 scientifiques répartis sur toute la France et regroupés dans une centaine d'équipes.

Réseau méthodologique MIA « Inférence de réseaux (biologiques) » NETBIO

Nom de l'animateur du réseau et/ou groupe de travail: 
Nathalie Villa-Vialaneix (unité MIA-T, Inra)

La compréhension de systèmes biologiques faisant intervenir de nombreux acteurs potentiels (e.g. protéines, métabolites, etc.) passe par l'identification d'interactions entre ces acteurs que l'on représente sous forme de réseaux. Les statisticiens et informaticiens ont développé ces dernières années toute une gamme de méthodologies pour inférer ces réseaux, souvent à partir de connaissances ou données très réduites. Des logiciels sont aujourd'hui accessibles et diffusés soit sous forme de paquetages libres (GGMSelect, SIMoNe, ParCorA, Banjo, etc.), soit sous forme commerciale (Ingenuity, Genevestigator, Pathway Tool, etc.).

En collaboration avec des biologistes, plusieurs chercheurs du département sont engagés au sein de projets de biologie des systèmes en microbiologie, en biologie végétale, en biologie animale. Toutefois la complexité du vivant fait que souvent les méthodes proposées ne sont pas pertinentes pour des organismes ayant des dizaines de milliers de gènes. Dans le cadre d'une collaboration avec l'Unité de recherche en Génomique Végétale (URGV) animée par M-L Martin-Magniette, nous souhaitons réfléchir aux besoins méthodologiques pour inférer des réseaux chez la plante modèle Arabidopsis thaliana dans l'objectif de monter un projet qui impliquerait l'URGV et des membres de ce réseau méthodologique.

Pages