Présentation de la communauté bioinformatique

L'ampleur des évolutions technologiques dans l'acquisition de données révolutionne la biologie dans tous les domaines du Vivant ouvrant la communauté scientifique à une vision plus prédictive de la biologie. La diversité des applications rendues possibles, mais aussi la « masse » des volumes produits interpellent plus que jamais les mathématiques et les sciences de l'information et de la communication sur la gestion, le partage, l'intégration et l'analyse des données produites au regard des connaissances disponibles.

Les besoins appellent à :

  • une organisation de l'accès aux données et ressources existantes,

  • une recherche au meilleur niveau en informatique (développement de nouveaux algorithmes et structures de données) et en mathématique (modélisation, statistiques) pour la biologie

  • la diffusion des méthodes, outils et « savoir-faire » dans la communauté des biologistes.

Ces défis sont transversaux à une majorité des départements de l'Inra.

Le dispositif Inra existant dans le domaine des mathématiques et de l'informatique pour la biologie intègre des équipes de recherche, des plateformes ouvertes, des collectifs d'appui (CATI), des collectifs métiers (PEPI) et des partenariats stratégiques pour l'Institut.  Dans ce contexte, l'Inra s'est doté d'une cellule bioinformatique dont la mission principale porte sur l'animation et la coordination des actions et initiatives menées par les départements au sein de son dispositif.

Les équipes de recherche mènent des recherches sur des verrous méthodologiques en mathématique et informatique appliquées, mais aussi des recherches à l'interface sur des questions particulièrement stratégiques pour l'Institut. Les thématiques abordées se déclinent sur des sujets variés, incluant par exemple l'annotation des génomes, la prédiction d'éléments structuraux et fonctionnels (gènes, ARNs, motifs, éléments répétés, etc.), la cartographie génétique et physique, la génomique comparative, la phylogénie, la métagénomique, l'intégration de données, la modélisation et l’analyse des réseaux biologiques (génétiques et métaboliques), et ceci dans les trois grands domaines du vivant étudiés à l'Inra : microbien, végétal et animal. Les plateformes bioinformatiques constituent un dispositif intégré et ouvert d'appui aux programmes de biologie, mettant à disposition de la communauté scientifique des équipements informatiques performants adaptés à la grande échelle pour le calcul et le stockage, un grand nombre de logiciels et des bases de données d'intérêt (généralistes ou spécialisées), des cycles d'acquisition et d'approfondissement des connaissances, et des compétences dédies à l'accompagnement de projets (expertise, développement informatique, mise en oeuvre d'outils).

 

Mots-clé

bioinformatique ; génomique, génomique comparative et métagénomique ; évolution et phylogénie ; génétique et génomique des populations ; analyse des séquences et recherche de motifs ; cartographie et annotation des génomes ; biologie des systèmes et réseaux biologiques, structures des macromolécules ; protéomique et interactions ; expression des gènes, génomique fonctionnelle ; séquençage haut débit ; ARN non codants ; épigénétique et épigénomique ; ontologies, bases de données, intégration de données, systèmes complexes , modélisation, algorithmique, automatique, statistiques.