Journées bioinfo Inra 2016

Journées bioinformatiques de l'INRA

 

Lundi 21 mars (après-midi)

 
Session 1 : Prospective et perspectives en bioinformatique
Animateur(trice)s de session: C. Caron (Inra Rennes) & C. Gaspin (Inra Toulouse)
 
C. Médigue, (LABGeM, CNRSUMR8030 &CEA/DSV/IG/Genoscope, chargée de mission Bioinformatique au CNRS)
J.F. Gibrat (Inra, Directeur de l'Institut Français de Bioinformatique)
O. Hologne (Inra, Directrice de la DIST)
 
Ateliers en parallèle
 
Annotation structurale et fonctionnelle des génomes
Animateur(trice)s: V. Brunaud (Inra, Paris-Saclay), S. Djebali (Inra, Toulouse), T. Faraut (Inra, Toulouse), S. Foissac (Inra, Toulouse), C. Gaspin (Inra, Toulouse)
M. Zytnicki (Inra Toulouse)
T. Schiex (Inra Toulouse)
 
Nouveaux enjeux bioinformatiques autour de la biologie synthétique et de la biologie des systèmes
Animateur(trice)s: L. Cottret (Inra Toulouse), A. Goelzer (Inra, Jouy-en-Josas), R. Peyraud (Inra Toulouse)
Bioinformatics challenges in systems biology for the modeling of living system
A. Goelzer (Inra, Jouy-en-Josas)
Open questions in Metabolic engineering and Synthetic biology
T. Duigou (Inra, Jouy-en-Josas)
R. Peyraud (Inra, Toulouse)
 

Mardi 22 mars (matin)

 
Session 2 : Génomique comparative et évolutive
Animateur(trice)s de session : H. Chiapello (Inra Toulouse) et E. Danchin (Inra Sophia)
 
E. Danchin (Inra Institut Sophia Agrobiotech, Sophia-Antipolis)
Paleogénomique: Reconstruction des génomes ancestraux pour l'étude de l'évolution des espèces et la recherche translationnelle appliquée
J. Salse (Inra UMR1095 GDEC, Clermont-Ferrand)
Evolution de la génomique chez les levures hémiascomycètes
C. Neuvéglise (Inra, AgroParisTech, UMR1319, Grignon)
 
Session 3 : De l'assemblage de génomes complexes à l'intégration de données
Animateur(trice)s de session : J Aubert (Inra AgroParisTech) & V Loux (Inra, Jouy-en-Josas)
 
J. Gouzy (Inra, LIPM, Toulouse)
C. Klopp (Inra, MIAT Toulouse)
D. Laloë & A. Rau (Inra GABI, Jouy-en-Josas)
N Mach (Inra GABI, Jouy-en-Josas)
H. Quesneville (Inra, URGI Versailles)
 

 Mardi 22 mars (après-midi)

 
Session 4 : Partage autour des méthodes et outils
Animateur(trice)s de session : V. Loux (Inra, Jouy-en-Josas) et A.L. Abraham (Inra, Jouy-en-Josas)
 
F. Giacomoni (Inra, Clermont-Ferrand)
L. Cottret (Inra, LIPM, Toulouse)
F. Legeai (Inra Rennes)
V. Brault (Inra, AgroParisTech)
C. Guérin (Inra, Jouy-en-Josas)
D. Tessier (Inra BIA, Nantes)
E. Chaix (Inra, Jouy-en-Josas)
 
Ateliers en parallèle
 
Reproductibilité : quelles pratiques existantes, comment l'améliorer ?
Animateur(trice)s: M.J. Cros (Inra, Toulouse), S. Dèrozier (Inra, Jouy-en-Josas), A.L. Abraham (Inra, Jouy-en-Josas), S. Terrat (Inra, Dijon)
M.J. Cros (Inra, Toulouse)
M. Mariadassou (Inra, Jouy-en-Josas)
S. Dérozier (Inra, Jouy-en-Josas)
 
Les populations de génomes et la sélection génomique
 Animateur(trice)s: V. Brunaud (Inra, Paris-Saclay), S. Djebali (Inra, Toulouse), T. Faraut (Inra, Toulouse), S. Foissac (Inra, Toulouse), C. Gaspin (Inra, Toulouse)
S. Schbath (Inra, Jouy-en-Josas)
L'évaluation génomique n'est pas un GWAS amelioré
A. Legarra (Inra, Toulouse)
 
Se former ou s'autoformer en bioinformatique

Animateur(trice)s: J. Aubert (Inra, AgroParisTech),H. Chiapello (Inra Toulouse), V. Loux (Inra Jouy-en-Josas), M. Mabed (Inra, Angers-Nantes)

1. Focus sur trois types d'expériences de formation ou d'autoformation en bioinformatique
M. da Rocha (Inra Sophia)
C. Paysant-Leroux (Inra Saclay)
C. Hoede (Inra Toulouse)
C. Herry (Inra Angers-Nantes)

 

Mercredi 23 mars (matin)

 

Session 5 : Bioinformatique et grands programmes à l'Inra
Animateurs de session : P. Bessières (Inra Jouy-en-Josas) & P. Label (Inra, Clermont-Ferrand)
Métagénomique des sols et projet metaTAXOMIC-RMQS : quelle contribution Inra ?
S. Terrat (Inra-IUT Dijon)
S. Foissac (Inra Toulouse)
P. Neveu (Inra Montpellier)
 
Session 6 : Synthèse des ateliers (voir ateliers ci-dessus)
Animatrices de session : S. Schbath (Inra, Jouy-en-Josas) & M. Causse (Inra Avignon)