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Ingénieur développement bioinformatique pour la métagénomique en lien avec les innovations technologiques de séquençages à longs fragments

Description: 

La connaissance des espèces peuplant les écosystèmes microbiens est largement basée sur le séquençage de l’ADN microbien. Dans ce cadre, deux types d’études sont conduites : celles préférant une approche ciblée avec un séquençage type amplicon d’un marqueur de biodiversité et celles ayant pour objectif le séquençage massif sans a priori de l’ensemble de l’ADN présent dans l’écosystème (métagénomique en shotgun). La qualité des séquences et la profondeur de séquençage sont des paramètres déterminants.

  • étude bioinformatique exploratoire qualitative et quantitative dont l’objectif sera d’améliorer les capacités d’affiliation taxonomique en approche ciblée basée sur l’augmentation de la taille des séquences.
  • mise en place les pipelines bioinformatiques permettant de réaliser des assemblages en approche shotgun selon plusieurs techniques de séquençage Hiseq, NovaSeq (Illumina) couplés ou pas avec le chromium (10X genomics), utilisation du Prométhion (ONT) ou de l’HiC pour améliorer les assemblages. La personne recrutée comparera la qualité des différents assemblages obtenus.  
Type de l'offre: 
Date limite de la candidature: 
05/11/2018
Période d'emploi: 
01/01/2019 - 31/12/2021
Email du contact: 
Localisation CR INRA: