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Ingénieur bio-informaticien assemblage et annotation de génomes de poissons

Description: 

L’équipe Sigenae accompagne des scientifiques de l’INRA dans le traitement et l’analyse des génomes animaux. Elle participe à plusieurs projets internationaux et nationaux d’assemblage et d’annotation de génomes de poissons (STURGEoNOMICS, Sex’N’Perch, GenoFish). Ces projets utilisent différents types de séquençage pour produire des assemblages chromosomiques de haute qualité : fragments longs séquencés sur plate-forme Oxford Nanopore, fragments longs séquencés partiellement sur plate-forme Illumina avec des étiquettes 10X Chromium, Hi-C. Pour certaines espèces une carte génétique sera produite dans le cadre du projet.

Les tailles et complexités des génomes à assembler sont variables de 1 à 4,5Gb avec pour certains plusieurs centaines de chromosomes.

Le but de ces projets est de comprendre l’évolution des gènes et des génomes et des mécanismes de détermination du sexe dans le cadre d’une approche comparée chez les poissons

Pour candidater : Envoyer une lettre de motivation et un CV par mail aux deux contacts

Type de l'offre: 
Date limite de la candidature: 
31/08/2018
Période d'emploi: 
01/09/2018 - 31/08/2019
Email du contact: 
Localisation CR INRA: